Table 2.

MND ADA vector integration site data

PatientTime (mo)VCNUnique integrantsChao 1*Shannon†>20% clones‡Near proto-oncogene‡
401 24 0.010 9 12 1.98 Yes (1) No 
82 0.105 27 50 2.27 No No 
402 21 0. 742 729 1,909 5.89 No MECOM 
120 0.476 430 1,100 5.45 No MECOM 
403 30 0.195 26 33 2.54 Yes MECOM 
118 0.545 47 72 2.51 No MECOM 
404 24 0.686 1725 8750 7.22 No No 
54 0.540 353 1573 5.72 No No 
405 42 0.490 67 118 3.86 No No 
60 0.496 225 675 5.03 No No 
406 24 0.172 74 133 4.07 No No 
84 0.483 196 384 4.58 No No 
407 24 0.401 25 28 1.94 Yes (3) No 
96 0.519 50 221 2.35 Yes (1) No 
408 42 1.240 114 465 4.65 No MECOM 
84 1.280 373 1113 5.82 No No 
409 36 0.287 73 191 4.02 No No 
84 0.627 247 701 4.59 No No 
410 24 1.130 342 2220 5.79 No No 
72 0.91 442 2068 5.98 No No 
PatientTime (mo)VCNUnique integrantsChao 1*Shannon†>20% clones‡Near proto-oncogene‡
401 24 0.010 9 12 1.98 Yes (1) No 
82 0.105 27 50 2.27 No No 
402 21 0. 742 729 1,909 5.89 No MECOM 
120 0.476 430 1,100 5.45 No MECOM 
403 30 0.195 26 33 2.54 Yes MECOM 
118 0.545 47 72 2.51 No MECOM 
404 24 0.686 1725 8750 7.22 No No 
54 0.540 353 1573 5.72 No No 
405 42 0.490 67 118 3.86 No No 
60 0.496 225 675 5.03 No No 
406 24 0.172 74 133 4.07 No No 
84 0.483 196 384 4.58 No No 
407 24 0.401 25 28 1.94 Yes (3) No 
96 0.519 50 221 2.35 Yes (1) No 
408 42 1.240 114 465 4.65 No MECOM 
84 1.280 373 1113 5.82 No No 
409 36 0.287 73 191 4.02 No No 
84 0.627 247 701 4.59 No No 
410 24 1.130 342 2220 5.79 No No 
72 0.91 442 2068 5.98 No No 
*

Chao 1: lower bound of total unique integrants per sample.

†

Shannon diversity index: measure of diversity accounting for abundance and evens of integration events; polyclonal samples have high Shannon index.

‡

Present at ≥1% of total integrants. See supplemental Table 1 for gene details. The supplemental Figure 4 shows a further analysis of all detected MECOM integrants over time.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal