Table 1.

Details for synthetic oligopeptides and results with the MHC stabilization assay

Peptide no.Amino acid sequenceProtein nameStart
position		Amino acid
length		Score*Percentage
MFI increase†
1 FYNIPPMPL EBNA2 282 9 300 390 
2 GYDVGHGPL EBNA2 119 9 200 44 
3 DYMAIHRSL EBNA3A 271 9 420 142 
4 VYDSMLQSDL EBNA3B 114 10 240 66 
5 RYEDPDAPL EBNA3C 721 9 720 41 
6 GYQEPPAHGL EBNA3C 775 10 360 36 
7 DYSQGAFTPL EBNA3C 923 10 240 72 
8 DYDASTESEL EBNA3C 982 10 220 40 
9 RYAREAEVRF EBNA3C 239 10 200 80 
10 GYRTATLRTL EBNA3C 183 10 200 40 
11 IYVLVMLVL LMP2 222 9 420 86 
12 SYAAAQRKL LMP2 170 9 220 54 
13 LYALALLLL LMP2 357 9 200 213 
14 AYRRRWRRL LMP2 234 9 200 46 
15 RYCCYYCLTL LMP2 474 10 400 343 
16 IYVLVMLVLL LMP2 222 10 300 95 
17 SYAAAQRKLL LMP2 170 10 200 60 
18 IYLLEMLWRL LMP1 124 10 300 421 
19 LYLQQNWWTL LMP1 158 10 300 407 
20 AYQAYAAPQL BZLF1 85 10 300 64 
21 TYPVLEEMF BRLF1 198 9 180 491 
22 DYCNVLNKEF BRLF1 28 10 132 84 
23 SYVKQPLCL BMLF1 347 9 300 437 
24 DYNFVKQLF BMLF1 320 9 252 221 
25 SYKTLREFF BMLF1 230 9 120 265 
26 NYNPGTLSSL BMLF1 387 10 360 332 
27 SYVKQPLCLL BMLF1 347 10 300 387 
28 CYDHAQTHL BMRF1 20 9 200 116 
29 TYTSGEACL BMRF1 199 9 200 109 
30 FYISLIQGL BALF2 846 9 432 331 
31 FYPLATYPL BALF2 25 9 300 547 
32 CYENDNPGL BALF2 636 9 300 78 
33 TYWQLNQNL BALF2 526 9 288 231 
34 LYTGLAQAL BALF2 217 9 288 187 
35 AYAEATSSL BALF2 880 9 240 253 
36 FYRSLLTIL BALF2 618 9 240 70 
37 HYQTLCTNF BALF2 655 9 180 322 
38 EYLLGRFSVL BALF2 1035 10 360 72 
39 FYMTHGLGTL BALF2 362 10 300 114 
40 TYPLREVATL BALF2 30 10 300 83 
41 TYWQINQNLL BALF2 526 10 240 270 
42 VYAASFSPNL BALF2 407 10 200 244 
43 RYSIFFDYM EBNA3A 246 9 60 450 
44 TYSAGIVQI EBNA3B 217 9 50 481 
45 TYGPVFMCL LMP2 419 9 403 411 
46 RYLRDQQLL HIV envelope 584 9 720 251 
Peptide no.Amino acid sequenceProtein nameStart
position		Amino acid
length		Score*Percentage
MFI increase†
1 FYNIPPMPL EBNA2 282 9 300 390 
2 GYDVGHGPL EBNA2 119 9 200 44 
3 DYMAIHRSL EBNA3A 271 9 420 142 
4 VYDSMLQSDL EBNA3B 114 10 240 66 
5 RYEDPDAPL EBNA3C 721 9 720 41 
6 GYQEPPAHGL EBNA3C 775 10 360 36 
7 DYSQGAFTPL EBNA3C 923 10 240 72 
8 DYDASTESEL EBNA3C 982 10 220 40 
9 RYAREAEVRF EBNA3C 239 10 200 80 
10 GYRTATLRTL EBNA3C 183 10 200 40 
11 IYVLVMLVL LMP2 222 9 420 86 
12 SYAAAQRKL LMP2 170 9 220 54 
13 LYALALLLL LMP2 357 9 200 213 
14 AYRRRWRRL LMP2 234 9 200 46 
15 RYCCYYCLTL LMP2 474 10 400 343 
16 IYVLVMLVLL LMP2 222 10 300 95 
17 SYAAAQRKLL LMP2 170 10 200 60 
18 IYLLEMLWRL LMP1 124 10 300 421 
19 LYLQQNWWTL LMP1 158 10 300 407 
20 AYQAYAAPQL BZLF1 85 10 300 64 
21 TYPVLEEMF BRLF1 198 9 180 491 
22 DYCNVLNKEF BRLF1 28 10 132 84 
23 SYVKQPLCL BMLF1 347 9 300 437 
24 DYNFVKQLF BMLF1 320 9 252 221 
25 SYKTLREFF BMLF1 230 9 120 265 
26 NYNPGTLSSL BMLF1 387 10 360 332 
27 SYVKQPLCLL BMLF1 347 10 300 387 
28 CYDHAQTHL BMRF1 20 9 200 116 
29 TYTSGEACL BMRF1 199 9 200 109 
30 FYISLIQGL BALF2 846 9 432 331 
31 FYPLATYPL BALF2 25 9 300 547 
32 CYENDNPGL BALF2 636 9 300 78 
33 TYWQLNQNL BALF2 526 9 288 231 
34 LYTGLAQAL BALF2 217 9 288 187 
35 AYAEATSSL BALF2 880 9 240 253 
36 FYRSLLTIL BALF2 618 9 240 70 
37 HYQTLCTNF BALF2 655 9 180 322 
38 EYLLGRFSVL BALF2 1035 10 360 72 
39 FYMTHGLGTL BALF2 362 10 300 114 
40 TYPLREVATL BALF2 30 10 300 83 
41 TYWQINQNLL BALF2 526 10 240 270 
42 VYAASFSPNL BALF2 407 10 200 244 
43 RYSIFFDYM EBNA3A 246 9 60 450 
44 TYSAGIVQI EBNA3B 217 9 50 481 
45 TYGPVFMCL LMP2 419 9 403 411 
46 RYLRDQQLL HIV envelope 584 9 720 251 
*

Estimated t1/2 of dissociation from the HLA A24 allele (in minutes).

†

Percentage mean fluorescence intensity (MFI) increase of HLA A∗2402 molecules on T2-A24 cells. Percentage MFI increase = (MFI with sample peptide − MFI without peptide)/(MFI without peptide) × 100. See the MHC stabilization assay section in “Materials and methods.”

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal