Table 1.

Kinases identified in the Bcr-Abl–containing and control cell lines

PSDB ID
pTyr Site
Peptide
BV173
K562
KCL22
KU812
SD1
SUP-B15
U937
Identified in K562 IMAC*
Novel site
Lipid kinase            
    PIK3R1   580   DQyLMWLTQK   +   -   -   -   -   +   -   -   -  
    PIK3R2   467   EYDQLYEEyTR    +   -   -   -   -   -   -   +  
Protein kinase            
    Abl   115   NGQGWVPSNyITPVNSLEK   +   +   +   +   -   +   -   -   -  
    Abl   185   INTASDGKLyVSSESR   +   +   +   +   +   +   -   +   -  
    Abl   226   NKPTVyGVSPNYDK   +   +   +   +   +   +   -   -   -  
    Abl   253   LGGGQyGEVYEGVWK   -   +   -   -   -   -   -   +   -  
    Abl   257   LGGGQYGEVyEGVWK   -   +   +   -   -   +   -   +   -  
    Abl   393   LMTGDTyTAHAGAK   +   +   +   +   +   +   -   +   -  
    Ack   596   KPTyDPVSEDQDPLSSDFKR   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Bcr   177   GHGQPGADAEKPFyVNVEFHHER   +   +   +   +   +   +   -   +   -  
    Bcr   246   SSESSCGVDGDyEDAELNPR   -   +   -   -   -   -   -   -   -  
    Bcr   436   KTGQIWPNDGEGAFHGDADGSFGTPPGyGCAADR   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Bcr   591   LASQLGVyR   -   +   -   -   -   -   -   +   -  
    Bcr   598   AFVDNyGVAMEMAEK   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Bcr   644   NSLETLLyKPVDR, NSLETLLyKPVDRVTR   +   +   +   +   -   -   -   +   -  
    Btk   223   KVVALyDYMPMNANDLQLR   +   +   -   -   -   +   -   -   -  
    Btk   225   KVVALYDyMPMNANDLQLR   +   -   -   -   -   -   -   -   +  
    Btk   361   HLFSTIPELINyHQHNSAGLISR   +   -   -   -   -   -   -   -   +  
    Cdc2   15   IEKIGEGTyGVVYK   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    Cdc2   19   IGEGTYGVVyKGR   -   +   -   -   +   -   -   -   -  
    Cdk2   15   VEKIGEGTyGVVYK   +   +   +   +   +   +   +   -   +  
    Cdk2   15   IGEGTyGTVFK   +   -   -   -   -   -   -   -   -  
    DYRK1A   145   KVYNDGYDDDNyDYIVK   -   +   +   -   -   +   -   -   -  
    DYRK1A   319   IyQYIQSR   -   -   -   -   -   -   +   -   +  
    DYRK1A   321   IYQyIQSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    DYRK2   309   VYTyIQSR   +   -   -   -   -   -   +   -   +  
    ERK1   204   IADPEHDHTGFLTEyVATR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    ERK2   187   VADPDHDHTGFLTEyVATR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    Fyn   214   KLDNGGYyITTR   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Fyn   420   LIEDNEyTAR   +   -   -   -   +   -   -   -   -  
    GSK3-β   216   GEPNVSyICSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    Hck   209   TLDNGGFyISPR   -   -   -   -   -   -   +   -   +  
    Hck   411   VIEDNEyTAR   +   -   -   -   -   -   -   -   -  
    HIPK1   352   AVCSTyLQSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    HIPK3   359   TVCSTyLQSR   +   -   +   -   -   +   -   -   +  
    IGF1R   1189   DIYETDyYRK   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Lck   192   NLDNGGFyISPR   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Lck   505   SVLEDFFTATEGQyQPQP   -   +   -   -   +   +   -   -   -  
    Lyn   193   SLDNGGyYISPR   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Lyn   508   AEERPTFDYLQSVLDDFYTATEGQyQQQP   +   -   -   -   -   +   +   -   -  
    P38-α   182   HTDDEMTGyVATR   -   +   +   +   +   +   +   -   -  
    PKCD   313   SDSASSEPVGIyQGFEK   +   -   -   -   -   -   -   -   -  
    PRP4   849   LCDFGSASHVADNDITPyLVSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    SgK223   390   CLGLTGEPQPPAHPQEATQPEPIyAESTK   +   -   -   -   -   +   -   -   -  
    Syk   323   QESTVSFNPyEPELAPWAADKGPQR   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Syk   348   EALPMDTEVyESPyADPEEIRPK   -   -   -   -   +   -   -   +   -  
    Syk
 		 352
 		 EALPMDTEVYESPyADPEEIRPK
 		 -
 		 -
 		 -
 		 -
 		 +
 		 -
 		 -
 		 +
 		 -
 
PSDB ID
pTyr Site
Peptide
BV173
K562
KCL22
KU812
SD1
SUP-B15
U937
Identified in K562 IMAC*
Novel site
Lipid kinase            
    PIK3R1   580   DQyLMWLTQK   +   -   -   -   -   +   -   -   -  
    PIK3R2   467   EYDQLYEEyTR    +   -   -   -   -   -   -   +  
Protein kinase            
    Abl   115   NGQGWVPSNyITPVNSLEK   +   +   +   +   -   +   -   -   -  
    Abl   185   INTASDGKLyVSSESR   +   +   +   +   +   +   -   +   -  
    Abl   226   NKPTVyGVSPNYDK   +   +   +   +   +   +   -   -   -  
    Abl   253   LGGGQyGEVYEGVWK   -   +   -   -   -   -   -   +   -  
    Abl   257   LGGGQYGEVyEGVWK   -   +   +   -   -   +   -   +   -  
    Abl   393   LMTGDTyTAHAGAK   +   +   +   +   +   +   -   +   -  
    Ack   596   KPTyDPVSEDQDPLSSDFKR   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Bcr   177   GHGQPGADAEKPFyVNVEFHHER   +   +   +   +   +   +   -   +   -  
    Bcr   246   SSESSCGVDGDyEDAELNPR   -   +   -   -   -   -   -   -   -  
    Bcr   436   KTGQIWPNDGEGAFHGDADGSFGTPPGyGCAADR   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Bcr   591   LASQLGVyR   -   +   -   -   -   -   -   +   -  
    Bcr   598   AFVDNyGVAMEMAEK   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Bcr   644   NSLETLLyKPVDR, NSLETLLyKPVDRVTR   +   +   +   +   -   -   -   +   -  
    Btk   223   KVVALyDYMPMNANDLQLR   +   +   -   -   -   +   -   -   -  
    Btk   225   KVVALYDyMPMNANDLQLR   +   -   -   -   -   -   -   -   +  
    Btk   361   HLFSTIPELINyHQHNSAGLISR   +   -   -   -   -   -   -   -   +  
    Cdc2   15   IEKIGEGTyGVVYK   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    Cdc2   19   IGEGTYGVVyKGR   -   +   -   -   +   -   -   -   -  
    Cdk2   15   VEKIGEGTyGVVYK   +   +   +   +   +   +   +   -   +  
    Cdk2   15   IGEGTyGTVFK   +   -   -   -   -   -   -   -   -  
    DYRK1A   145   KVYNDGYDDDNyDYIVK   -   +   +   -   -   +   -   -   -  
    DYRK1A   319   IyQYIQSR   -   -   -   -   -   -   +   -   +  
    DYRK1A   321   IYQyIQSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    DYRK2   309   VYTyIQSR   +   -   -   -   -   -   +   -   +  
    ERK1   204   IADPEHDHTGFLTEyVATR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    ERK2   187   VADPDHDHTGFLTEyVATR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    Fyn   214   KLDNGGYyITTR   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Fyn   420   LIEDNEyTAR   +   -   -   -   +   -   -   -   -  
    GSK3-β   216   GEPNVSyICSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    Hck   209   TLDNGGFyISPR   -   -   -   -   -   -   +   -   +  
    Hck   411   VIEDNEyTAR   +   -   -   -   -   -   -   -   -  
    HIPK1   352   AVCSTyLQSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    HIPK3   359   TVCSTyLQSR   +   -   +   -   -   +   -   -   +  
    IGF1R   1189   DIYETDyYRK   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Lck   192   NLDNGGFyISPR   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Lck   505   SVLEDFFTATEGQyQPQP   -   +   -   -   +   +   -   -   -  
    Lyn   193   SLDNGGyYISPR   -   +   -   -   -   -   -   -   +  
    Lyn   508   AEERPTFDYLQSVLDDFYTATEGQyQQQP   +   -   -   -   -   +   +   -   -  
    P38-α   182   HTDDEMTGyVATR   -   +   +   +   +   +   +   -   -  
    PKCD   313   SDSASSEPVGIyQGFEK   +   -   -   -   -   -   -   -   -  
    PRP4   849   LCDFGSASHVADNDITPyLVSR   +   +   +   +   +   +   +   -   -  
    SgK223   390   CLGLTGEPQPPAHPQEATQPEPIyAESTK   +   -   -   -   -   +   -   -   -  
    Syk   323   QESTVSFNPyEPELAPWAADKGPQR   -   -   -   -   +   -   -   -   -  
    Syk   348   EALPMDTEVyESPyADPEEIRPK   -   -   -   -   +   -   -   +   -  
    Syk
 		 352
 		 EALPMDTEVYESPyADPEEIRPK
 		 -
 		 -
 		 -
 		 -
 		 +
 		 -
 		 -
 		 +
 		 -
 

For a complete listing of phosphotyrosine peptides found in these samples, see Table S1. Bcr-Abl—containing cell lines were BV173, K562, KCL22, KU812, SD1, and SUP-B15. Control cell line was U937. PSB ID is a protein identifier referenced from PhosphoSite.21 

*

Sites identified in K562 IMAC appear in Salomon et al.40 

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