Table 7

Analysis of mutations in IgM+κ+CD21lowCD27+ B cells

Subject no., B cellHeavy chain
Light chain
VH mutations (%)aa ΔR/S (FR)R/S (CDR)p(R) FRp(R) CDRVκ mutations (%)aa ΔR/S (FR)R/S (CDR)p(R) FRp(R) CDR
LDU 077 
    F1 23 (8.32) 17 12/5 5/1 0.163 0.131 7 (2.81) 1/0 3/2 0.019 0.025 
    G1 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
    G4 23 (8.32) 11 3/8 8/4 0.000 0.006 7 (2.85) 1/1 3/2 0.008 0.041 
    G5 7 (2.59) 4/2 0/1 0.388 0.817 6 (2.60) 3/0 2/1 0.292 0.131 
    G6 1 (0.37) 0/1 0/0 0.180 0.567 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
    H3 23 (8.32) 16 8/5 9/1 0.004 0.001 9 (3.85) 3/0 6/0 0.052 0.000 
    H6 16 (5.93) 4/3 7/2 0.002 0.002 12 (4.8) 8/3 1/0 0.820 0.700 
    H7 0 (0) 0/0 0/0 — — 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
LDU 095 
    B3 5 (1.94) 3/1 1/0 0.450 0.324 2 (0.80) 1/0 1/0 — — 
    C4 8 (3.14) 4/3 0/1 0.246 0.841 4 (1.73) 0/1 3/0 0.338 0.083 
LDU 389 
    A1 1 (0.37) 1/0 0/0 0.686 0.569 — — — — — — 
    A4 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    B3 3 (1.12) 1/2 0/0 0.182 0.679 — — — — — — 
    B7 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    C10 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    C12 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    D5 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    D9 1 (0.36) 1/0 0/0 0.686 0.569 — — — — — — 
    E2 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    E8 6 (2.22) 3/2 1/0 0.271 0.392 — — — — — — 
    2F1 3 (1.12) 2/1 0/0 0.533 0.679 — — — — — — 
    F2 6 (2.27) 2/1 3/0 0.086 0.021 — — — — — — 
    G9 2 (0.74) 0/0 0/2 0.069 0.628 — — — — — — 
LDU 773 
    D7* 6 (2.22) 1/3 2/0 0.017 0.110 5 (2.14) 2/1 1/1 0.132 0.206 
    D10* 6 (2.22) 1/2 2/1 0.017 0.110 2 (0.85) 1/0 1/0 0.338 0.083 
    E3* 7 (2.59) 1/5 0/1 0.007 0.817 5 (2.14) 2/1 2/0 0.132 0.032 
    E5* 5 (1.85) 2/1 2/0 0.174 0.077 6 (2.56) 2/1 3/0 0.062 0.005 
    F5* 8 (2.96) 1/4 0/3 0.003 0.841 3 (1.28) 1/0 2/0 0.152 0.010 
    F10* 8 (2.96) 3/3 2/0 0.088 0.185 6 (2.56) 2/2 1/1 0.062 0.245 
    G1* 4 (1.48) 2/1 1/0 0.319 0.263 1 (0.43) 1/0 0/0 0.669 0.542 
    C10* 2 (0.74) 1/0 1/0 0.377 0.134 4 (1.71) 2/0 1/1 0.265 0.166 
    E7* 18 (6.67%) 5/10 1/2 0.002 0.819 6 (2.56) 1/2 2/1 0.010 0.046 
    F8* 3 (1.11) 2/1 0/0 0.538 0.675 4 (1.71) 2/1 1/0 0.265 0.166 
    G7* 14 (5.19) 7/4 2/1 0.179 0.431 4 (1.71) 2/2 0/0 0.265 0.647 
    C11 9 (3.33) 4/2 2/1 0.148 0.226 6 (2.56) 5/1 0/0 0.787 0.703 
LDU 1403 
    A5* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    G3* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    C6* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    C7* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    D3* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    D9* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 5 (2.14) 4/1 0/0 0.711 0.676 
    D11* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    H9* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 4 (1.71) 3/1 0/0 0.612 0.647 
    B2* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    E1* 9 (3.33) 1/4 2/2 0.001 0.226 2 (0.85) 0/0 1/1 0.057 0.083 
    E3* 9 (3.33) 1/4 2/2 0.001 0.226 3 (1.28) 1/0 1/1 0.152 0.125 
    H1* 11 (4.07) 2/5 2/2 0.002 0.308 4 (1.71) 2/0 1/1 0.265 0.166 
    H4* 9 (3.33) 1/4 2/2 0.001 0.226 3 (1.28) 0/1 1/1 0.027 0.207 
    B1* 15 (5.56) 3/7 3/2 0.001 0.227 1 (0.43) 0/1 0/0 0.169 0.541 
    F2 14 (5.19) 12 8/2 4/0 0.344 0.068 5 (2.14) 2/2 1/0 0.132 0.206 
    E9 8 (2.96) 3/1 3/1 0.088 0.047 3 (1.28) 0/2 1/0 0.019 0.125 
    G6 17 (6.30) 7/8 2/0 0.042 0.543 5 (2.03) 4/0 1/0 0.711 0.206 
    H12 12 (4.44% 2/2 6/2 0.001 0.001 5 (2.03) 5/0 0/0 0.936 0.676 
LDU 1308  
    B12* 9 (3.33) 1/3 3/2 0.001 0.065 2 (0.87) 2/0 0/0 0.781 0.580 
    C3* 3 (1.11) 2/0 0/1 0.538 0.675 5 (2.16) 2/1 1/1 0.132 0.206 
    C4* 8 (2.96) 2/2 2/2 0.021 0.185 3 (1.30) 0/2 1/0 0.019 0.125 
    C9* 5 (1.85) 1/4 0/0 0.039 0.756 1 (0.43) 0/0 1/0 0.169 0.042 
    C11* 4 (1.48) 1/2 1/0 0.087 0.263 2 (0.87) 0/0 2/0 0.057 0.003 
    D1* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 1 (0.43) 0/0 1/0 0.169 0.042 
    D4A* 8 (2.96) 4/2 1/1 0.246 0.487 5 (2.16) 1/3 1/0 0.026 0.206 
    D4B* 10 (3.70) 3/4 3/0 0.024 0.087 7 (3.03) 3/3 1/0 0.114 0.283 
    D5* 8 (2.96) 3/2 1/2 0.088 0.487 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
    D11* 6 (2.22) 3/1 2/0 0.278 0.110 6 (2.60) 3/2 1/0 0.217 0.245 
    E3* 6 (2.22) 4/0 1/1 0.568 0.381 6 (2.60) 3/1 2/0 0.217 0.046 
    H2* 6 (2.22) 4/1 0/1 0.568 0.789 4 (1.73) 3/1 0/0 0.612 0.647 
    H7* 5 (1.85) 2/2 1/0 0.174 0.324 2 (0.87) 0/1 1/0 0.057 0.083 
    I6* 2 (0.74) 1/0 1/0 0.377 0.134 2 (0.87) 0/1 1/0 0.057 0.083 
LDU 1432  
    B2* 3 (1.11) 2/1 0/0 0.538 0.675 5 (2.14) 2/1 0/2 0.132 0.676 
    B4* 10 (3.47) 4/3 2/1 0.085 0.267 3 (1.28) 1/1 0/1 0.152 0.615 
    B5* 3 (1.04) 1/2 0/0 0.186 0.675 3 (1.28) 1/1 0/1 0.152 0.615 
    C2* 7 (2.59) 4/2 1/0 0.388 0.436 4 (1.71) 3/0 1/0 0.012 0.166 
    C3* 7 (2.59) 3/1 1/2 0.161 0.436 5 (2.14) 2/2 0/1 0.132 0.676 
    C4* 5 (1.85) 3/1 1/0 0.450 0.323 5 (2.14) 1/1 1/2 0.026 0.206 
    C8* 2 (0.74) 1/0 1/0 0.377 0.134 4 (1.71) 3/0 0/1 0.612 0.647 
    D1* 3 (1.11) 2/0 0/1 0.538 0.675 2 (0.85) 1/0 0/1 0.338 0.580 
    D2* 12 (4.44) 3/4 3/2 0.006 0.137 6 (2.56) 2/3 0/1 0.062 0.703 
    D4* 8 (2.96) 2/4 0/2 0.021 0.041 5 (2.14) 2/2 0/1 0.132 0.676 
    D5* 3 (1.11) 2/1 0/0 0.538 0.675 3 (1.28) 1/1 0/1 0.152 0.615 
    D6* 11 (4.07) 4/3 1/3 0.047 0.619 5 (2.14) 2/2 0/1 0.132 0.676 
    D8* 9 (3.33) 4/2 0/3 0.150 0.863 6 (2.56) 2/2 1/1 0.132 0.676 
    D9* 9 (3.33) 3/3 1/2 0.047 0.534 7 (2.99) 4/2 0/1 0.310 0.728 
    D11* 8 (2.96) 4/2 0/1 0.388 0.817 2 (0.85) 0/0 1/1 0.057 0.083 
    E2* 5 (1.85) 2/2 1/0 0.174 0.324 3 (1.28) 1/0 1/1 0.152 0.125 
    E3* 9 (3.33) 2/4 1/2 0.010 0.534 6 (2.56) 2/2 1/1 0.062 0.245 
    E5* 5 (1.85) 2/3 0/0 0.174 0.756 3 (1.28) 2/0 0/1 0.488 0.615 
    E11* 1 (0.37) 1/0 0/0 0.688 0.567 2 (0.85) 1/0 0/1 0.338 0.580 
    F1* 5 (1.85) 1/3 1/0 0.039 0.324 4 (1.71) 1/1 0/2 0.064 0.647 
    F3* 7 (2.59) 5/0 1/1 0.669 0.436 4 (1.71) 1/1 0/2 0.064 0.647 
    F6* 8 (2.96) 2/4 0/2 0.021 0.841 7 (2.99) 3/2 1/1 0.114 0.283 
Subject no., B cellHeavy chain
Light chain
VH mutations (%)aa ΔR/S (FR)R/S (CDR)p(R) FRp(R) CDRVκ mutations (%)aa ΔR/S (FR)R/S (CDR)p(R) FRp(R) CDR
LDU 077 
    F1 23 (8.32) 17 12/5 5/1 0.163 0.131 7 (2.81) 1/0 3/2 0.019 0.025 
    G1 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
    G4 23 (8.32) 11 3/8 8/4 0.000 0.006 7 (2.85) 1/1 3/2 0.008 0.041 
    G5 7 (2.59) 4/2 0/1 0.388 0.817 6 (2.60) 3/0 2/1 0.292 0.131 
    G6 1 (0.37) 0/1 0/0 0.180 0.567 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
    H3 23 (8.32) 16 8/5 9/1 0.004 0.001 9 (3.85) 3/0 6/0 0.052 0.000 
    H6 16 (5.93) 4/3 7/2 0.002 0.002 12 (4.8) 8/3 1/0 0.820 0.700 
    H7 0 (0) 0/0 0/0 — — 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
LDU 095 
    B3 5 (1.94) 3/1 1/0 0.450 0.324 2 (0.80) 1/0 1/0 — — 
    C4 8 (3.14) 4/3 0/1 0.246 0.841 4 (1.73) 0/1 3/0 0.338 0.083 
LDU 389 
    A1 1 (0.37) 1/0 0/0 0.686 0.569 — — — — — — 
    A4 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    B3 3 (1.12) 1/2 0/0 0.182 0.679 — — — — — — 
    B7 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    C10 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    C12 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    D5 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    D9 1 (0.36) 1/0 0/0 0.686 0.569 — — — — — — 
    E2 0 (0.00) 0/0 0/0 — — — — — — — — 
    E8 6 (2.22) 3/2 1/0 0.271 0.392 — — — — — — 
    2F1 3 (1.12) 2/1 0/0 0.533 0.679 — — — — — — 
    F2 6 (2.27) 2/1 3/0 0.086 0.021 — — — — — — 
    G9 2 (0.74) 0/0 0/2 0.069 0.628 — — — — — — 
LDU 773 
    D7* 6 (2.22) 1/3 2/0 0.017 0.110 5 (2.14) 2/1 1/1 0.132 0.206 
    D10* 6 (2.22) 1/2 2/1 0.017 0.110 2 (0.85) 1/0 1/0 0.338 0.083 
    E3* 7 (2.59) 1/5 0/1 0.007 0.817 5 (2.14) 2/1 2/0 0.132 0.032 
    E5* 5 (1.85) 2/1 2/0 0.174 0.077 6 (2.56) 2/1 3/0 0.062 0.005 
    F5* 8 (2.96) 1/4 0/3 0.003 0.841 3 (1.28) 1/0 2/0 0.152 0.010 
    F10* 8 (2.96) 3/3 2/0 0.088 0.185 6 (2.56) 2/2 1/1 0.062 0.245 
    G1* 4 (1.48) 2/1 1/0 0.319 0.263 1 (0.43) 1/0 0/0 0.669 0.542 
    C10* 2 (0.74) 1/0 1/0 0.377 0.134 4 (1.71) 2/0 1/1 0.265 0.166 
    E7* 18 (6.67%) 5/10 1/2 0.002 0.819 6 (2.56) 1/2 2/1 0.010 0.046 
    F8* 3 (1.11) 2/1 0/0 0.538 0.675 4 (1.71) 2/1 1/0 0.265 0.166 
    G7* 14 (5.19) 7/4 2/1 0.179 0.431 4 (1.71) 2/2 0/0 0.265 0.647 
    C11 9 (3.33) 4/2 2/1 0.148 0.226 6 (2.56) 5/1 0/0 0.787 0.703 
LDU 1403 
    A5* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    G3* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    C6* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    C7* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    D3* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    D9* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 5 (2.14) 4/1 0/0 0.711 0.676 
    D11* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    H9* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 4 (1.71) 3/1 0/0 0.612 0.647 
    B2* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 3 (1.28) 2/1 0/0 0.488 0.615 
    E1* 9 (3.33) 1/4 2/2 0.001 0.226 2 (0.85) 0/0 1/1 0.057 0.083 
    E3* 9 (3.33) 1/4 2/2 0.001 0.226 3 (1.28) 1/0 1/1 0.152 0.125 
    H1* 11 (4.07) 2/5 2/2 0.002 0.308 4 (1.71) 2/0 1/1 0.265 0.166 
    H4* 9 (3.33) 1/4 2/2 0.001 0.226 3 (1.28) 0/1 1/1 0.027 0.207 
    B1* 15 (5.56) 3/7 3/2 0.001 0.227 1 (0.43) 0/1 0/0 0.169 0.541 
    F2 14 (5.19) 12 8/2 4/0 0.344 0.068 5 (2.14) 2/2 1/0 0.132 0.206 
    E9 8 (2.96) 3/1 3/1 0.088 0.047 3 (1.28) 0/2 1/0 0.019 0.125 
    G6 17 (6.30) 7/8 2/0 0.042 0.543 5 (2.03) 4/0 1/0 0.711 0.206 
    H12 12 (4.44% 2/2 6/2 0.001 0.001 5 (2.03) 5/0 0/0 0.936 0.676 
LDU 1308  
    B12* 9 (3.33) 1/3 3/2 0.001 0.065 2 (0.87) 2/0 0/0 0.781 0.580 
    C3* 3 (1.11) 2/0 0/1 0.538 0.675 5 (2.16) 2/1 1/1 0.132 0.206 
    C4* 8 (2.96) 2/2 2/2 0.021 0.185 3 (1.30) 0/2 1/0 0.019 0.125 
    C9* 5 (1.85) 1/4 0/0 0.039 0.756 1 (0.43) 0/0 1/0 0.169 0.042 
    C11* 4 (1.48) 1/2 1/0 0.087 0.263 2 (0.87) 0/0 2/0 0.057 0.003 
    D1* 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 1 (0.43) 0/0 1/0 0.169 0.042 
    D4A* 8 (2.96) 4/2 1/1 0.246 0.487 5 (2.16) 1/3 1/0 0.026 0.206 
    D4B* 10 (3.70) 3/4 3/0 0.024 0.087 7 (3.03) 3/3 1/0 0.114 0.283 
    D5* 8 (2.96) 3/2 1/2 0.088 0.487 0 (0.00) 0/0 0/0 — — 
    D11* 6 (2.22) 3/1 2/0 0.278 0.110 6 (2.60) 3/2 1/0 0.217 0.245 
    E3* 6 (2.22) 4/0 1/1 0.568 0.381 6 (2.60) 3/1 2/0 0.217 0.046 
    H2* 6 (2.22) 4/1 0/1 0.568 0.789 4 (1.73) 3/1 0/0 0.612 0.647 
    H7* 5 (1.85) 2/2 1/0 0.174 0.324 2 (0.87) 0/1 1/0 0.057 0.083 
    I6* 2 (0.74) 1/0 1/0 0.377 0.134 2 (0.87) 0/1 1/0 0.057 0.083 
LDU 1432  
    B2* 3 (1.11) 2/1 0/0 0.538 0.675 5 (2.14) 2/1 0/2 0.132 0.676 
    B4* 10 (3.47) 4/3 2/1 0.085 0.267 3 (1.28) 1/1 0/1 0.152 0.615 
    B5* 3 (1.04) 1/2 0/0 0.186 0.675 3 (1.28) 1/1 0/1 0.152 0.615 
    C2* 7 (2.59) 4/2 1/0 0.388 0.436 4 (1.71) 3/0 1/0 0.012 0.166 
    C3* 7 (2.59) 3/1 1/2 0.161 0.436 5 (2.14) 2/2 0/1 0.132 0.676 
    C4* 5 (1.85) 3/1 1/0 0.450 0.323 5 (2.14) 1/1 1/2 0.026 0.206 
    C8* 2 (0.74) 1/0 1/0 0.377 0.134 4 (1.71) 3/0 0/1 0.612 0.647 
    D1* 3 (1.11) 2/0 0/1 0.538 0.675 2 (0.85) 1/0 0/1 0.338 0.580 
    D2* 12 (4.44) 3/4 3/2 0.006 0.137 6 (2.56) 2/3 0/1 0.062 0.703 
    D4* 8 (2.96) 2/4 0/2 0.021 0.041 5 (2.14) 2/2 0/1 0.132 0.676 
    D5* 3 (1.11) 2/1 0/0 0.538 0.675 3 (1.28) 1/1 0/1 0.152 0.615 
    D6* 11 (4.07) 4/3 1/3 0.047 0.619 5 (2.14) 2/2 0/1 0.132 0.676 
    D8* 9 (3.33) 4/2 0/3 0.150 0.863 6 (2.56) 2/2 1/1 0.132 0.676 
    D9* 9 (3.33) 3/3 1/2 0.047 0.534 7 (2.99) 4/2 0/1 0.310 0.728 
    D11* 8 (2.96) 4/2 0/1 0.388 0.817 2 (0.85) 0/0 1/1 0.057 0.083 
    E2* 5 (1.85) 2/2 1/0 0.174 0.324 3 (1.28) 1/0 1/1 0.152 0.125 
    E3* 9 (3.33) 2/4 1/2 0.010 0.534 6 (2.56) 2/2 1/1 0.062 0.245 
    E5* 5 (1.85) 2/3 0/0 0.174 0.756 3 (1.28) 2/0 0/1 0.488 0.615 
    E11* 1 (0.37) 1/0 0/0 0.688 0.567 2 (0.85) 1/0 0/1 0.338 0.580 
    F1* 5 (1.85) 1/3 1/0 0.039 0.324 4 (1.71) 1/1 0/2 0.064 0.647 
    F3* 7 (2.59) 5/0 1/1 0.669 0.436 4 (1.71) 1/1 0/2 0.064 0.647 
    F6* 8 (2.96) 2/4 0/2 0.021 0.841 7 (2.99) 3/2 1/1 0.114 0.283 

V mutations indicate number of mutations in V; aa Δ, number of aa replacements in V; R/S (FR), ratio of replacement mutations to synonymous mutations in the V FR; R/S (CDR), ratio of replacement mutations to synonymous mutations in the V CDR1 and CDR2; p(R)FR, probability of significant scarcity of R mutations in FR; p(R)CDR, probability of significant excess of R mutations in CDR1 and CDR2.

— indicates that the value was not computed.

*

indicates clonal populations.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal