Table 1

Genes differentially expressed between tumor-derived TEMs and TAMs

GeneFold moreFold lessΔCtPGeneFold moreFold lessΔCtP
Up-regulated 
    Cd163 15.8  6.3 < .001 Timp2 2.8  4.5 < .01 
    Lyve1 14.1  6.1 < .001 Plxnd1 2.8  6.2 < .01 
    Igf1 8.2  9.3 < .001 Efna1 2.7  12.6 < .01 
    Stab1 6.4  5.5 < .001 Slamf1 2.6  14.6 < .05 
    Mrc1 5.3  3.0 < .001 Fcgr3 2.6  3.1 < .05 
    Sema6d 5.2  15.2 < .001 Angpt1 2.6  14.2 < .05 
    Nrp1 4.6  6.3 < .001 Sema3c 2.6  12.3 < .05 
    Cxcl12 4.4  10.6 < .001 Timp3 2.5  12.2 < .05 
    Thbs3 4.3  12.1 < .001 Kit 2.5  14.9 < .05 
    Cxcl13 4.3  5.1 < .001 Sdc2 2.5  9.1 < .05 
    Efnb2 4.2  12.9 < .01 Efnb1 2.5  12.0 < .05 
    Neo1 4.1  15.1 < .01 Cdh5 2.4  11.6 < .05 
    Plxna3 4.1  12.8 < .001 Plxnb2 2.4  6.3 < .05 
    Itga2 4.0  16.3 < .05 Il4ra 2.3  5.1 < .05 
    Plxna1 3.6  8.1 < .001 Il10ra 2.2  6.5 < .05 
    Msr2 3.5  4.4 < .001 Arg1 2.2  5.7 < .05 
    Tlr4 3.5  7.8 < .01 Hpse 2.1  5.6 < .05 
    Plxna4 3.1  10.9 < .01 Serpinb2 2.1  9.8 < .05 
    Edg1 3.0  8.1 < .01 Itgb1 2.1  5.0 < .05 
    Fcgr2b 2.9  3.9 < .01      
Down-regulated 
    Il1b  −6.6 2.4 < .001 Ptprc  −2.7 3.7 < .01 
    Ptgs2  −5.0 5.5 < .001 Ctss  −2.7 0.8 < .01 
    Il4  −4.0 12.0 < .001 Tgfb1  −2.6 4.2 < .05 
    Nos2  −3.9 8.8 < .001 Il18  −2.6 8.2 < .05 
    Ccr7  −3.8 7.6 < .001 Sell  −2.5 10.3 < .05 
    Il12a  −3.6 16.2 < .01 Ccr2  −2.5 5.8 < .05 
    Smad7  −3.6 8.2 < .001 Il12b  −2.5 11.8 < .05 
    Bcl2l1  −3.2 6.6 < .01 Nfkb2  −2.5 5.9 < .05 
    Stat4  −3.1 10.7 < .01 Fas  −2.4 9.8 < .05 
    Tnf  −3.1 4.0 < .01 Gusb  −2.4 4.9 < .05 
    Il13  −3.1 12.8 < .01 Smad3  −2.4 9.0 < .05 
    Actb  −3.0 1.0 < .01 Socs1  −2.4 6.6 < .05 
    Edn1  −3.0 11.0 < .01 Bax  −2.4 6.2 < .05 
    Ccl5  −3.0 4.3 < .01 Pgk1  −2.4 4.1 < .05 
    H2-Ea  −3.0 5.1 < .01 Ski  −2.3 6.1 < .05 
    Vegfa  −2.9 4.5 < .01 Csf1  −2.3 7.8 < .05 
    Il1a  −2.9 5.2 < .01 Ctla4  −2.2 12.9 < .05 
    Cxcl10  −2.8 2.9 < .01 Stat1  −2.1 3.7 < .05 
    Cd80  −2.8 9.1 < .01 Tnfrsf18  −2.1 12.0 < .05 
    Ece1  −2.7 13.1 < .05 Tbx21  −2.1 12.1 < .05 
    Cxcl11  −2.7 6.6 < .01      
GeneFold moreFold lessΔCtPGeneFold moreFold lessΔCtP
Up-regulated 
    Cd163 15.8  6.3 < .001 Timp2 2.8  4.5 < .01 
    Lyve1 14.1  6.1 < .001 Plxnd1 2.8  6.2 < .01 
    Igf1 8.2  9.3 < .001 Efna1 2.7  12.6 < .01 
    Stab1 6.4  5.5 < .001 Slamf1 2.6  14.6 < .05 
    Mrc1 5.3  3.0 < .001 Fcgr3 2.6  3.1 < .05 
    Sema6d 5.2  15.2 < .001 Angpt1 2.6  14.2 < .05 
    Nrp1 4.6  6.3 < .001 Sema3c 2.6  12.3 < .05 
    Cxcl12 4.4  10.6 < .001 Timp3 2.5  12.2 < .05 
    Thbs3 4.3  12.1 < .001 Kit 2.5  14.9 < .05 
    Cxcl13 4.3  5.1 < .001 Sdc2 2.5  9.1 < .05 
    Efnb2 4.2  12.9 < .01 Efnb1 2.5  12.0 < .05 
    Neo1 4.1  15.1 < .01 Cdh5 2.4  11.6 < .05 
    Plxna3 4.1  12.8 < .001 Plxnb2 2.4  6.3 < .05 
    Itga2 4.0  16.3 < .05 Il4ra 2.3  5.1 < .05 
    Plxna1 3.6  8.1 < .001 Il10ra 2.2  6.5 < .05 
    Msr2 3.5  4.4 < .001 Arg1 2.2  5.7 < .05 
    Tlr4 3.5  7.8 < .01 Hpse 2.1  5.6 < .05 
    Plxna4 3.1  10.9 < .01 Serpinb2 2.1  9.8 < .05 
    Edg1 3.0  8.1 < .01 Itgb1 2.1  5.0 < .05 
    Fcgr2b 2.9  3.9 < .01      
Down-regulated 
    Il1b  −6.6 2.4 < .001 Ptprc  −2.7 3.7 < .01 
    Ptgs2  −5.0 5.5 < .001 Ctss  −2.7 0.8 < .01 
    Il4  −4.0 12.0 < .001 Tgfb1  −2.6 4.2 < .05 
    Nos2  −3.9 8.8 < .001 Il18  −2.6 8.2 < .05 
    Ccr7  −3.8 7.6 < .001 Sell  −2.5 10.3 < .05 
    Il12a  −3.6 16.2 < .01 Ccr2  −2.5 5.8 < .05 
    Smad7  −3.6 8.2 < .001 Il12b  −2.5 11.8 < .05 
    Bcl2l1  −3.2 6.6 < .01 Nfkb2  −2.5 5.9 < .05 
    Stat4  −3.1 10.7 < .01 Fas  −2.4 9.8 < .05 
    Tnf  −3.1 4.0 < .01 Gusb  −2.4 4.9 < .05 
    Il13  −3.1 12.8 < .01 Smad3  −2.4 9.0 < .05 
    Actb  −3.0 1.0 < .01 Socs1  −2.4 6.6 < .05 
    Edn1  −3.0 11.0 < .01 Bax  −2.4 6.2 < .05 
    Ccl5  −3.0 4.3 < .01 Pgk1  −2.4 4.1 < .05 
    H2-Ea  −3.0 5.1 < .01 Ski  −2.3 6.1 < .05 
    Vegfa  −2.9 4.5 < .01 Csf1  −2.3 7.8 < .05 
    Il1a  −2.9 5.2 < .01 Ctla4  −2.2 12.9 < .05 
    Cxcl10  −2.8 2.9 < .01 Stat1  −2.1 3.7 < .05 
    Cd80  −2.8 9.1 < .01 Tnfrsf18  −2.1 12.0 < .05 
    Ece1  −2.7 13.1 < .05 Tbx21  −2.1 12.1 < .05 
    Cxcl11  −2.7 6.6 < .01      

The expression level of each gene in tumor-derived TEMs is indicated as fold-change versus TAMs. The ΔCt of each gene was calculated using β2m as endogenous control.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal