Table 3

DKO megakaryocytes show deregulation of many megakaryocyte genes

GeneFPKM
WTSRF cKOMKL1 KOMKL2 cKODKO
Aurkb 28.32 56.04 21.31 15.20 38.26 
Bcl2 2.05 1.58 2.42 2.13 0.91 
Bcl2l11 6.82 17.95* 12.75 6.67 4.71 
Bcl2l1 177.03 75.50* 141.81 170.54 63.91* 
Cbfb 32.56 35.92 30.95 23.69 10.49* 
Ccl5 14.29 81.43* 16.21 6.32 75.07* 
Ccnd1 4.42 1.20 2.07 2.81 0.46 
Ccnd3 539.47 319.20 448.96 547.66 429.51 
Ccne1 5.36 7.25 4.45 2.90 9.88 
Ccne2 8.84 12.42 8.25 5.07 4.45 
Cd36 1.64 2.20 1.44 0.79 0.31 
Cd9 1630.72 852.78 1449.95 1627.59 619.83 
Cdkn1a 346.36 255.60 328.10 292.71 228.05 
Cxcl12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 
Cxcl5 52.68 41.74 51.20 87.20 10.92* 
Cxcr4 11.60 104.87* 10.61 9.35 41.40* 
Ets1 6.50 18.58* 9.49 8.98 3.80 
Etv6 83.30 73.60 85.93 109.23 13.31* 
F2r 538.79 403.48 510.62 754.55 73.00* 
Fli1 92.75 62.78 74.83 107.55 16.70* 
Gata1 136.72 61.85* 100.83 131.26 93.43 
Gata2 32.63 29.09 31.35 22.08 47.30 
Gp1ba 225.28 101.01* 198.97 304.22 20.66* 
Gp5 270.36 99.97* 183.32 242.73 103.53 
Gp6 120.38 68.16 119.21 170.59 41.46* 
Gp9 307.39 118.95* 222.33 264.54 212.19 
Hsd3b1 0.19 0.04 0.13 0.08 0.01 
Hsd3b2 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 
Itga2 8.72 4.07 10.33 21.05* 0.08 
Itga2b 2506.71 1231.66* 2305.33 2301.65 1637.24 
Itga5 30.84 31.69 30.59 25.61 10.59 
Itgav 16.04 17.03 18.47 20.23 14.37 
Itgb1 219.80 131.97 169.54 229.33 55.44* 
Itgb3 1285.89 667.85 1130.56 1556.85 243.91 
Mafg 16.36 9.91 16.54 19.66 1.24 
Mafk 25.26 15.14 21.01 19.13 6.49* 
Mcl1 112.29 129.28 127.35 88.38 57.66 
Mpl 92.44 40.82* 57.96 116.22 23.74* 
Myb 28.96 77.77* 41.61 18.42 33.15 
Myh9 999.37 631.94 1017.94 1311.00 107.44* 
Nfe2 620.83 357.27 532.17 550.66 390.86 
P2rx1 135.55 63.86* 119.27 102.96 35.34* 
P2ry1 38.38 21.97 38.53 45.93 5.06* 
P2ry12 3.22 2.59 3.32 3.94 0.20 
Pf4 7444.13 4537.65 6066.01 6706.48 9408.82 
Ppbp 5550.82 589.32* 2275.74* 8246.70 482.21* 
Rab27b 572.79 262.99* 492.48 687.69 61.05* 
Rabggta 4.56 7.34 4.16 2.07 9.71 
Runx1 48.93 37.01 56.81 65.48 10.54* 
Selp 682.35 210.07* 566.21 746.53 53.85* 
Tal1 109.73 51.29* 94.37 106.55 17.59* 
Tbxas1 470.61 202.36* 438.38 583.03 146.91* 
Tnfrsf1a 75.62 107.95 81.74 54.56 67.13 
Tubb1 119.49 85.87 107.73 183.81 12.97* 
Vwf 893.73 420.56 727.50 1220.57 313.62 
Zfpm1 121.21 58.22 72.54 115.08 18.29* 
GeneFPKM
WTSRF cKOMKL1 KOMKL2 cKODKO
Aurkb 28.32 56.04 21.31 15.20 38.26 
Bcl2 2.05 1.58 2.42 2.13 0.91 
Bcl2l11 6.82 17.95* 12.75 6.67 4.71 
Bcl2l1 177.03 75.50* 141.81 170.54 63.91* 
Cbfb 32.56 35.92 30.95 23.69 10.49* 
Ccl5 14.29 81.43* 16.21 6.32 75.07* 
Ccnd1 4.42 1.20 2.07 2.81 0.46 
Ccnd3 539.47 319.20 448.96 547.66 429.51 
Ccne1 5.36 7.25 4.45 2.90 9.88 
Ccne2 8.84 12.42 8.25 5.07 4.45 
Cd36 1.64 2.20 1.44 0.79 0.31 
Cd9 1630.72 852.78 1449.95 1627.59 619.83 
Cdkn1a 346.36 255.60 328.10 292.71 228.05 
Cxcl12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 
Cxcl5 52.68 41.74 51.20 87.20 10.92* 
Cxcr4 11.60 104.87* 10.61 9.35 41.40* 
Ets1 6.50 18.58* 9.49 8.98 3.80 
Etv6 83.30 73.60 85.93 109.23 13.31* 
F2r 538.79 403.48 510.62 754.55 73.00* 
Fli1 92.75 62.78 74.83 107.55 16.70* 
Gata1 136.72 61.85* 100.83 131.26 93.43 
Gata2 32.63 29.09 31.35 22.08 47.30 
Gp1ba 225.28 101.01* 198.97 304.22 20.66* 
Gp5 270.36 99.97* 183.32 242.73 103.53 
Gp6 120.38 68.16 119.21 170.59 41.46* 
Gp9 307.39 118.95* 222.33 264.54 212.19 
Hsd3b1 0.19 0.04 0.13 0.08 0.01 
Hsd3b2 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 
Itga2 8.72 4.07 10.33 21.05* 0.08 
Itga2b 2506.71 1231.66* 2305.33 2301.65 1637.24 
Itga5 30.84 31.69 30.59 25.61 10.59 
Itgav 16.04 17.03 18.47 20.23 14.37 
Itgb1 219.80 131.97 169.54 229.33 55.44* 
Itgb3 1285.89 667.85 1130.56 1556.85 243.91 
Mafg 16.36 9.91 16.54 19.66 1.24 
Mafk 25.26 15.14 21.01 19.13 6.49* 
Mcl1 112.29 129.28 127.35 88.38 57.66 
Mpl 92.44 40.82* 57.96 116.22 23.74* 
Myb 28.96 77.77* 41.61 18.42 33.15 
Myh9 999.37 631.94 1017.94 1311.00 107.44* 
Nfe2 620.83 357.27 532.17 550.66 390.86 
P2rx1 135.55 63.86* 119.27 102.96 35.34* 
P2ry1 38.38 21.97 38.53 45.93 5.06* 
P2ry12 3.22 2.59 3.32 3.94 0.20 
Pf4 7444.13 4537.65 6066.01 6706.48 9408.82 
Ppbp 5550.82 589.32* 2275.74* 8246.70 482.21* 
Rab27b 572.79 262.99* 492.48 687.69 61.05* 
Rabggta 4.56 7.34 4.16 2.07 9.71 
Runx1 48.93 37.01 56.81 65.48 10.54* 
Selp 682.35 210.07* 566.21 746.53 53.85* 
Tal1 109.73 51.29* 94.37 106.55 17.59* 
Tbxas1 470.61 202.36* 438.38 583.03 146.91* 
Tnfrsf1a 75.62 107.95 81.74 54.56 67.13 
Tubb1 119.49 85.87 107.73 183.81 12.97* 
Vwf 893.73 420.56 727.50 1220.57 313.62 
Zfpm1 121.21 58.22 72.54 115.08 18.29* 

Megakaryocyte curated genes based on a literature review as being important in megakaryocyte differentiation23  show differential gene expression between the different genotypes. Data are displayed in FPKM.

FPKM indicates fragments per kilobase of transcript per million; WT, wild type; SRF, serum response factor; KO, knockout; cKO, conditional knockout; and DKO, double knockout.

*

Differentially expressed genes reaching statistical significance (q < 0.05) compared to WT.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal