Table 2

GWAS-discovered loci for lymphoma

SubtypeLocusSNPNearest GeneRAF* (controls)OR†PReference
CLL 2p22.2 rs3770745 QPCT, PRKD3 0.22 1.24 1.68 × 10−8 55 
CLL 2q13 rs13401811 ACOXL, BCL2L11 0.81 1.41 2.08 × 10−18 55 
CLL 2q13 rs17483466 ACOXL, BCL2L11 0.20 1.39 2.36 × 10−10 56 
CLL 2q33.1 rs3769825 CASP10/CASP8 0.45 1.19 2.50 × 10−9 55 
CLL 2q37.1 rs13397985 SP140, SP110 0.19 1.41 5.40 × 10−10 56 
CLL 2q37.3 rs757978 FARP2 0.11 1.39 2.11 × 10−9 57 
CLL 3q26.2 rs10936599 MYNN 0.75 1.26 1.74 × 10−9 58 
CLL 4q25 rs898518 LEF1 0.59 1.20 4.24 × 10−10 55 
CLL 4q26 rs6858698 CAMK2D 0.16 1.31 3.07 × 10−9 58 
CLL 5p15.33 rs10069690 TERT 0.25 1.20 1.12 × 10−10 58 
CLL 6p21.31 rs210142 BAK1 0.70 1.40 9.47 × 10−16 59 
CLL 6p21.32 rs9273363 HLA-DQB1 0.27 1.24 2.24 × 10−10 55 
CLL 6p21.32 rs674313 HLA-DRB5 0.26 1.69 6.92 × 10−9 60 
CLL 6p25.3 rs872071 IRF4 0.54 1.54 1.91 × 10−20 56 
CLL 6q25.2 rs2236256 IPCEF1 0.44 1.23 1.50 × 10−10 58 
CLL 7q31.33 rs17246404 POT1 0.71 1.22 3.40 × 10−8 58 
CLL 8q22.3 rs2511714 ODF1 0.41 1.16 2.90 × 10−9 58 
CLL 8q24.21 rs2456449 CASC19 0.36 1.26 7.84 × 10−10 57 
CLL 9p21.3 rs1679013 CDKN2B-AS1 0.52 1.19 1.27 × 10−8 55 
CLL 10q23.31 rs4406737 ACTA2, FAS 0.57 1.27 1.22 × 10−14 55 
CLL 11p15.5 rs7944004 C11orf21 0.49 1.20 2.15 × 10−10 55 
CLL 11q24.1 rs735665 GRAMD1B 0.21 1.45 3.78 × 10−12 56 
CLL 12q24.13 rs10735079 OAS3 0.36 1.18 2.34 × 10−8 61 
CLL 15q15.1 rs8024033 BMF 0.51 1.22 2.71 × 10−10 55 
CLL 15q21.3 rs7169431 RFX7 0.08 1.36 4.74 × 10−7‡ 57 
CLL 15q23 rs7176508 RPLP1 0.37 1.37 4.54 × 10−12 56 
CLL 16q24.1 rs305061 IRF8 0.66 1.22 3.60 × 10−7‡ 57 
CLL 16q24.1 rs2292982 IRF8 0.34 0.65 6.48 × 10−9 60 
CLL 18q21.32 rs4368253 PMAIP1 0.69 1.19 2.51 × 10−8 55 
CLL 18q21.33 rs4987855 BCL2 0.91 1.47 2.66 × 10−12 55 
CLL 18q21.33 rs4987852 BCL2 0.06 1.41 7.76 × 10−11 55 
CLL 19q13.32 rs11083846 PRKD2 0.22 1.35 3.96 × 10−9 56 
FL 3q28 rs6444305 LPP 0.27 1.21 1.10 × 10−10 62 
FL 6p21.32 rs10484561 MHC class II 0.13 1.95 1.12 × 10−29 63 
FL 6p21.32 rs2647012 HLA-DQB1 0.44 0.64 2.00 × 10−21 64 
FL 6p21.32  HLA-DRβ1 Glu-28 0.30 1.86 7.89 × 10−69 62 
FL 6p21.32 rs17203612 HLA-DRA 0.49 1.44 4.59 × 10−16 62 
FL 6p21.33 rs3130437 HLA-C 0.62 1.23 8.23 × 10−9 62 
FL 6p21.33 rs6457327 C6orf15 et al (STG) 0.38 0.59 4.70 × 10−11 65 
FL 8q24.21 rs13254990 PVT1 0.32 1.18 1.06 × 10−8 62 
FL 11q23.3 rs4938573 CXCR5 0.20 1.34 5.79 × 10−20 62 
FL 11q24.3 rs4937362 ETS1 0.46 1.19 6.76 × 10−11 62 
FL 18q21.33 rs17749561 BCL2 0.91 1.34 8.28 × 10−10 62 
DLBCL 2p23.3 rs79480871 NCOA1 0.076 1.34 4.23 × 10−8 66 
DLBCL 3q27 rs6773854 BCL6/LPP 0.22 1.47 1.14 × 10−11 67 
DLBCL 6p21.33 rs2523607 HLA-B 0.12 1.32 2.40 × 10−10 66 
DLBCL 6p25.3 rs116446171 EXOC2 0.019 2.20 2.33 × 10−21 66 
DLBCL 8q24.21 rs13255292 PVT1 0.32 1.22 9.98 × 10−13 66 
DLBCL 8q24.21 rs4733601 PVT1 0.48 1.18 3.63 × 10−11 66 
MZL 6p21.32 rs9461741 BTNL2 0.018 2.66 3.95 × 10−15 68 
MZL 6p21.33 rs2922994 HLA-B 0.11 1.64 2.43 × 10−9 68 
HL 2p16.1 rs1432295 REL 0.40 1.22 1.91 × 10−8 69 
HL 3p24.1 rs3806624 EOMES 0.45 1.26 1.14 × 10−12 70 
HL (EBV−) 5q31 rs20541 IL13 0.18 1.53 5.40 × 10−9 71 
HL 6p21 rs2248462 MICB 0.22 0.61 1.30 × 10−13 71 
HL 6p21 rs2395185 HLA-DRA 0.33 0.56 8.30 × 10−25 71 
HL (EBV+) 6p21 rs2734986 HLA-A 0.18 2.45 1.20 × 10−15 71 
HL (EBV+) 6p21 rs6904029 HCG9 0.30 0.46 5.50 × 10−10 71 
HL 6p21.32 rs2281389 HLA-DPB1 0.83 1.73 6.31 × 10−13 72 
HL 6p21.32 rs6903608 HLA-DRA 0.27 1.70 2.84 × 10−50 69 
HL (NS) 6p21.32 rs2858870 HLA-DRB1 0.13 0.40 5.61 × 10−9 73 
HL (NS) 6p21.32 rs204999 PRRT1 0.27 0.60 2.34 × 10−8 73 
HL 6q23.3 rs7745098 HBS1L, MYB 0.48 1.21 3.42 × 10−9 70 
HL 8q24.21 rs2019960 PVT1 0.23 1.33 1.26 × 10−13 69 
HL 10p14 rs501764 GATA3 0.19 1.25 7.05 × 10−8 69 
HL 19p13.3 rs1860661 TCF3 0.41 0.81 3.50 × 10−10 74 
LYM 11q12.1 rs12289961 LPXN 0.28 1.29 3.89 × 10−8 75 
SubtypeLocusSNPNearest GeneRAF* (controls)OR†PReference
CLL 2p22.2 rs3770745 QPCT, PRKD3 0.22 1.24 1.68 × 10−8 55 
CLL 2q13 rs13401811 ACOXL, BCL2L11 0.81 1.41 2.08 × 10−18 55 
CLL 2q13 rs17483466 ACOXL, BCL2L11 0.20 1.39 2.36 × 10−10 56 
CLL 2q33.1 rs3769825 CASP10/CASP8 0.45 1.19 2.50 × 10−9 55 
CLL 2q37.1 rs13397985 SP140, SP110 0.19 1.41 5.40 × 10−10 56 
CLL 2q37.3 rs757978 FARP2 0.11 1.39 2.11 × 10−9 57 
CLL 3q26.2 rs10936599 MYNN 0.75 1.26 1.74 × 10−9 58 
CLL 4q25 rs898518 LEF1 0.59 1.20 4.24 × 10−10 55 
CLL 4q26 rs6858698 CAMK2D 0.16 1.31 3.07 × 10−9 58 
CLL 5p15.33 rs10069690 TERT 0.25 1.20 1.12 × 10−10 58 
CLL 6p21.31 rs210142 BAK1 0.70 1.40 9.47 × 10−16 59 
CLL 6p21.32 rs9273363 HLA-DQB1 0.27 1.24 2.24 × 10−10 55 
CLL 6p21.32 rs674313 HLA-DRB5 0.26 1.69 6.92 × 10−9 60 
CLL 6p25.3 rs872071 IRF4 0.54 1.54 1.91 × 10−20 56 
CLL 6q25.2 rs2236256 IPCEF1 0.44 1.23 1.50 × 10−10 58 
CLL 7q31.33 rs17246404 POT1 0.71 1.22 3.40 × 10−8 58 
CLL 8q22.3 rs2511714 ODF1 0.41 1.16 2.90 × 10−9 58 
CLL 8q24.21 rs2456449 CASC19 0.36 1.26 7.84 × 10−10 57 
CLL 9p21.3 rs1679013 CDKN2B-AS1 0.52 1.19 1.27 × 10−8 55 
CLL 10q23.31 rs4406737 ACTA2, FAS 0.57 1.27 1.22 × 10−14 55 
CLL 11p15.5 rs7944004 C11orf21 0.49 1.20 2.15 × 10−10 55 
CLL 11q24.1 rs735665 GRAMD1B 0.21 1.45 3.78 × 10−12 56 
CLL 12q24.13 rs10735079 OAS3 0.36 1.18 2.34 × 10−8 61 
CLL 15q15.1 rs8024033 BMF 0.51 1.22 2.71 × 10−10 55 
CLL 15q21.3 rs7169431 RFX7 0.08 1.36 4.74 × 10−7‡ 57 
CLL 15q23 rs7176508 RPLP1 0.37 1.37 4.54 × 10−12 56 
CLL 16q24.1 rs305061 IRF8 0.66 1.22 3.60 × 10−7‡ 57 
CLL 16q24.1 rs2292982 IRF8 0.34 0.65 6.48 × 10−9 60 
CLL 18q21.32 rs4368253 PMAIP1 0.69 1.19 2.51 × 10−8 55 
CLL 18q21.33 rs4987855 BCL2 0.91 1.47 2.66 × 10−12 55 
CLL 18q21.33 rs4987852 BCL2 0.06 1.41 7.76 × 10−11 55 
CLL 19q13.32 rs11083846 PRKD2 0.22 1.35 3.96 × 10−9 56 
FL 3q28 rs6444305 LPP 0.27 1.21 1.10 × 10−10 62 
FL 6p21.32 rs10484561 MHC class II 0.13 1.95 1.12 × 10−29 63 
FL 6p21.32 rs2647012 HLA-DQB1 0.44 0.64 2.00 × 10−21 64 
FL 6p21.32  HLA-DRβ1 Glu-28 0.30 1.86 7.89 × 10−69 62 
FL 6p21.32 rs17203612 HLA-DRA 0.49 1.44 4.59 × 10−16 62 
FL 6p21.33 rs3130437 HLA-C 0.62 1.23 8.23 × 10−9 62 
FL 6p21.33 rs6457327 C6orf15 et al (STG) 0.38 0.59 4.70 × 10−11 65 
FL 8q24.21 rs13254990 PVT1 0.32 1.18 1.06 × 10−8 62 
FL 11q23.3 rs4938573 CXCR5 0.20 1.34 5.79 × 10−20 62 
FL 11q24.3 rs4937362 ETS1 0.46 1.19 6.76 × 10−11 62 
FL 18q21.33 rs17749561 BCL2 0.91 1.34 8.28 × 10−10 62 
DLBCL 2p23.3 rs79480871 NCOA1 0.076 1.34 4.23 × 10−8 66 
DLBCL 3q27 rs6773854 BCL6/LPP 0.22 1.47 1.14 × 10−11 67 
DLBCL 6p21.33 rs2523607 HLA-B 0.12 1.32 2.40 × 10−10 66 
DLBCL 6p25.3 rs116446171 EXOC2 0.019 2.20 2.33 × 10−21 66 
DLBCL 8q24.21 rs13255292 PVT1 0.32 1.22 9.98 × 10−13 66 
DLBCL 8q24.21 rs4733601 PVT1 0.48 1.18 3.63 × 10−11 66 
MZL 6p21.32 rs9461741 BTNL2 0.018 2.66 3.95 × 10−15 68 
MZL 6p21.33 rs2922994 HLA-B 0.11 1.64 2.43 × 10−9 68 
HL 2p16.1 rs1432295 REL 0.40 1.22 1.91 × 10−8 69 
HL 3p24.1 rs3806624 EOMES 0.45 1.26 1.14 × 10−12 70 
HL (EBV−) 5q31 rs20541 IL13 0.18 1.53 5.40 × 10−9 71 
HL 6p21 rs2248462 MICB 0.22 0.61 1.30 × 10−13 71 
HL 6p21 rs2395185 HLA-DRA 0.33 0.56 8.30 × 10−25 71 
HL (EBV+) 6p21 rs2734986 HLA-A 0.18 2.45 1.20 × 10−15 71 
HL (EBV+) 6p21 rs6904029 HCG9 0.30 0.46 5.50 × 10−10 71 
HL 6p21.32 rs2281389 HLA-DPB1 0.83 1.73 6.31 × 10−13 72 
HL 6p21.32 rs6903608 HLA-DRA 0.27 1.70 2.84 × 10−50 69 
HL (NS) 6p21.32 rs2858870 HLA-DRB1 0.13 0.40 5.61 × 10−9 73 
HL (NS) 6p21.32 rs204999 PRRT1 0.27 0.60 2.34 × 10−8 73 
HL 6q23.3 rs7745098 HBS1L, MYB 0.48 1.21 3.42 × 10−9 70 
HL 8q24.21 rs2019960 PVT1 0.23 1.33 1.26 × 10−13 69 
HL 10p14 rs501764 GATA3 0.19 1.25 7.05 × 10−8 69 
HL 19p13.3 rs1860661 TCF3 0.41 0.81 3.50 × 10−10 74 
LYM 11q12.1 rs12289961 LPXN 0.28 1.29 3.89 × 10−8 75 

LYM, lymphoma; NS, nodular sclerosis.

*

Risk AF among controls.

†

OR (per allele).

‡

Considered genome-wide significant at the time of initial publication.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal