Table 1

Junction sequences and microhomology for NC10 and K562 clones

Bacterial cloneSequence at the junctionDeleted regionBp deleted, no.*Microhomology sequences
NC10     
    siRNA Control     
        No. 1 CGAGCTCGAA/AATCATGGTC 452-458 5 AA 
        No. 2 CGAGCTCGAA/TCGTAATCAT 452-454 1 none 
        No. 3 AAACGACGGC/AATTCGTAAT 391-451 59 none 
        No. 4 AACGACGGCC/ACACAACATA 392-510 117 none 
        No. 5 CGACGTTGTA/CCACACAACA 381-508 126 none 
    siRNA WRN     
        No. 1 CCCGGGTACC/TGGTCATAGC 443-463 19 none 
        No. 2 CTGCGCAACT/TGCCCGCTTT 264-596 331 T 
        No. 3 TGCGTAAGGA/AAAGCCTGGG 219-541 321 A 
        No. 4 ACCGAGCTCG/AATCATGGTC 450-458 7 none 
        No. 5 CTCTAGAGGA/CTTTCCAGTC 431-602 170 none 
    siRNA DNA ligase III α     
        No. 1 ACCGAGCTCG/AATTCGTAAT 450-455 4 none 
        No. 2 CCGAGCTCGA/TTCCTGTGTG 451-476 24 none 
        No. 3 CCGAGCTCGA/CGAGCCGGAA 451-520 68 CGA 
        No. 4 GCTCGAATTC/AATCATGGTC 455-458 2 none 
        No. 5 TACCGAGCTC/GGTCATAGCT 449-464 14 none 
K562     
    siRNA Control     
        No. 1 CGACGGCCAG/AGCCTGGGGT 394-543 148 AG 
        No. 2 CATGCCTGCA/CAATTCCACAC 416-503 86 CA 
        No. 3 GCGCAA(G)TGT/AAGTGTAAAG 266-535 268 AAGTGT(C at position 263 is mutated to G) 
        No. 4 GTGCTGCAAG/TGC(A)AGCTGC 335-625 289 TGCAAG(C at position 628 is mutated to A) 
        No. 5 CAAGCTTGCA/AGCCTGGGGT 408-543 134 A 
    siRNA WRN     
        No. 1 GACTCTAGAG/GTTGCGCTCA 429-585 155 G 
        No. 2 CAGGCTGCGC/GAGTGAGCT 259-560 300 none 
        No. 3 AAAGGGGGAT/CTAACTCACA 324-567 242 none 
        No. 4 GGGGATGTGC/GAAGCATAA 328-527 198 none 
        No. 5 CCCGGGTACC/CCCGCTTTCC 443-598 154 CC 
    siRNA DNA ligase III α     
        No. 1 GTAAAACGACGGC/TGTAAAG 391-538 146 none 
        No. 2 ATGCCTGCAG/CGAGCCGGAA 416-520 103 none 
        No. 3 ACCGAGCTCG/(C)GTCATAGCT 450-464 13 CG(G at position 464 is mutated to C) 
        No. 4 GCTCGAATTC/TTCCTGTGTG 455-476 20 TCC 
        No. 5 CGAGCTCGA/TTGTAATCAT 452 1 none 
    Over-expression of Artemis     
        No. 1 TACGCCAGCT/TCGTAATCAT 310-454 143 T 
        No. 2 GGCCAGTGCC/TATCCGCTCA 398-493 94 none 
        No. 3 GTCGACTCTA/TATCCGCTCA 426-493 66 TA 
        No. 4 GAGCTCGAAT/TCCTGTGTGA 453-477 23 T 
        No. 5 CGAGCTCGAA/TGGTCATAGC 452-463 10 none 
Bacterial cloneSequence at the junctionDeleted regionBp deleted, no.*Microhomology sequences
NC10     
    siRNA Control     
        No. 1 CGAGCTCGAA/AATCATGGTC 452-458 5 AA 
        No. 2 CGAGCTCGAA/TCGTAATCAT 452-454 1 none 
        No. 3 AAACGACGGC/AATTCGTAAT 391-451 59 none 
        No. 4 AACGACGGCC/ACACAACATA 392-510 117 none 
        No. 5 CGACGTTGTA/CCACACAACA 381-508 126 none 
    siRNA WRN     
        No. 1 CCCGGGTACC/TGGTCATAGC 443-463 19 none 
        No. 2 CTGCGCAACT/TGCCCGCTTT 264-596 331 T 
        No. 3 TGCGTAAGGA/AAAGCCTGGG 219-541 321 A 
        No. 4 ACCGAGCTCG/AATCATGGTC 450-458 7 none 
        No. 5 CTCTAGAGGA/CTTTCCAGTC 431-602 170 none 
    siRNA DNA ligase III α     
        No. 1 ACCGAGCTCG/AATTCGTAAT 450-455 4 none 
        No. 2 CCGAGCTCGA/TTCCTGTGTG 451-476 24 none 
        No. 3 CCGAGCTCGA/CGAGCCGGAA 451-520 68 CGA 
        No. 4 GCTCGAATTC/AATCATGGTC 455-458 2 none 
        No. 5 TACCGAGCTC/GGTCATAGCT 449-464 14 none 
K562     
    siRNA Control     
        No. 1 CGACGGCCAG/AGCCTGGGGT 394-543 148 AG 
        No. 2 CATGCCTGCA/CAATTCCACAC 416-503 86 CA 
        No. 3 GCGCAA(G)TGT/AAGTGTAAAG 266-535 268 AAGTGT(C at position 263 is mutated to G) 
        No. 4 GTGCTGCAAG/TGC(A)AGCTGC 335-625 289 TGCAAG(C at position 628 is mutated to A) 
        No. 5 CAAGCTTGCA/AGCCTGGGGT 408-543 134 A 
    siRNA WRN     
        No. 1 GACTCTAGAG/GTTGCGCTCA 429-585 155 G 
        No. 2 CAGGCTGCGC/GAGTGAGCT 259-560 300 none 
        No. 3 AAAGGGGGAT/CTAACTCACA 324-567 242 none 
        No. 4 GGGGATGTGC/GAAGCATAA 328-527 198 none 
        No. 5 CCCGGGTACC/CCCGCTTTCC 443-598 154 CC 
    siRNA DNA ligase III α     
        No. 1 GTAAAACGACGGC/TGTAAAG 391-538 146 none 
        No. 2 ATGCCTGCAG/CGAGCCGGAA 416-520 103 none 
        No. 3 ACCGAGCTCG/(C)GTCATAGCT 450-464 13 CG(G at position 464 is mutated to C) 
        No. 4 GCTCGAATTC/TTCCTGTGTG 455-476 20 TCC 
        No. 5 CGAGCTCGA/TTGTAATCAT 452 1 none 
    Over-expression of Artemis     
        No. 1 TACGCCAGCT/TCGTAATCAT 310-454 143 T 
        No. 2 GGCCAGTGCC/TATCCGCTCA 398-493 94 none 
        No. 3 GTCGACTCTA/TATCCGCTCA 426-493 66 TA 
        No. 4 GAGCTCGAAT/TCCTGTGTGA 453-477 23 T 
        No. 5 CGAGCTCGAA/TGGTCATAGC 452-463 10 none 

Underlined bolded sequences indicate microhomologies at the breakpoint junctions.

*

Microhomology is defined as one or more identical DNA sequences at the break point junctions. The mutated nucleotides are depicted in parentheses.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal