Table 2

Characteristics, status, and allelic associations of F8 polymorphisms with FVIII:C levels

Region, TU*Protein*GenBank*m-AFs, %†
F8 variation databases‡
TWAAChSEAJMISAAHAMSTeRS38,58 VDR53 dbSNP59 
Promoter              
    −825G>A — 49785830 0.9 NP 7.7 NP NP NP NP NP NF F8-002289 NF 
    −824G>A — 49785831 0.9 NP 7.7 NP NP NP NP NP NF F8-002290 NF 
    −493G>A — 49785832 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-002621 rs4898404 
    −385 A4>A5 — 49785833 0.9 NP NP NP NP NP 25.0 NP NF NF NF 
    −287T>C — 49785834 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 2              
    25610G>A — 49785835 0.5 NP 4.5 NP NP NP NP NP NF F8-028722 NF 
Intron 3              
    25865G>A — 49785836 0.5 NP 4.2 NP NP NP NP NP NF F8-028977 NF 
    25885G>C — 49785837 0.5 NP 4.2 NP NP NP NP NP NF F8-028997 NF 
    29567C>T — 49785838 0.5 NP NP NP NP NP NP 12.5 NF NF NF 
Intron 4              
    29854T>C — 49785839 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 5              
    35518C>G — 49785840 0.9 NP 8.0 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 6              
    53034A>G§ — 49785841 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
Exon 7              
    53206G>T§ W255C 49785842 0.5 NP NP NP 6.7 NP NP NP NA NF NF 
Intron 7              
    55938C>A§ — 49785843 0.5 NP NP NP 6.7 NP NP NP NF NF NF 
    56010G>A§ — 49785844 9.6 6.4 26.9 7.7 NP 12.5 12.5 25.0 + F8-059122 rs7058826 
Exon 8              
    56113G>A§ A343A 49785845 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP + F8-059225 rs1800289 
Intron 9              
    61534T>C — 49785846 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-064646 rs5986899 
Exon 10              
    61620G>A R484H 49785847 0.9 NP 8.3 NP NP NP NP NP + NF NF 
Intron 13              
    75215G>A —  0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-077273 rs5987069 
    90948A>G — 49785848 0.5 NP NP NP NP NP NP 12.5 NF NF NF 
Exon 14              
    91317A>G R776G 49785849 0.5 NP NP 7.7 NP NP NP NP NF NF rs2228152 
    92555C>T§ H1188H 49785850 0.5 NP 4.3 NP NP NP NP NP NF F8-095667 NF 
    92714C>G§ D1241E 49785851 14.7 7.7 72.7 7.7 NP 12.5 12.5 25.0 + F8-095826 rs1800291 
    92798A>C§ S1269S 49785852 7.7 6.3 3.8 7.7 20.0 NP 12.5 25.0 + F8-095910 rs1800292 
    92927G>A K1312K 49785853 0.5 NP NP NP 6.7 NP NP NP NF NF NF 
    93401C>G V1470V 49785854 0.5 NP 4.5 NP NP NP NP NP NF NF NF 
    93434G>A P1481P 49785855 0.9 NP 9.1 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 15              
    116434C>T — 49785856 0.5 NP NP 7.7 NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 18              
    118909T>A§ — 49785857 20.3 14.6 84.6 7.7 14.3 NP 42.9 37.5 + F8-122021 rs4898352 
Intron 19              
    120776T>C§ — 49785858 24.5 17.3 75.0 7.7 16.7 NP 37.5 50.0 + F8-123888 rs4074307 
Intron 22              
    158352C>T — 49785859 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    158368T>C — 49785860 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF F8-161500 NF 
    158635C>T — 49785861 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-161767 rs5987054 
    158777A>G — 49785862 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    158820C>T — 49785863 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-161952 rs5987053 
    159087G>A — 49785864 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 23              
    159874G>A§ — 49785865 1.4 1.4 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-163006 NF 
Intron 24              
    162013G>T§ — 49785866 3.3 5.0 NP NP NP NP NP NP NF F8-165145 NF 
Exon 25              
    162161A>G§ M2238V 49785867 1.8 NP 15.4 NP NP NP NP NP + F8-165293 rs17051967 
Intron 25              
    162475T>C§ — 49785868 4.1 5.6 NP NP NP NP NP 12.5 NF F8-165607 NF 
3′ UTR              
    185156C>T§ — 49785869 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-188288 rs5986887 
    186341G>A§ — 49785870 0.5 NP NP NP NP 12.5 NP NP NF NF NF 
    186506A>G§ — 49785871 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    186602C>T§ — 49785872 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    186799G>A§ — 49785873 24.8 17.4 76.9 NP 13.3 NP 50.0 50.0 + F8-189931 rs1050705 
3′ DNA              
    186987T>G§ — 49785874 0.9 NP 9.1 NP NP NP NP NP NF F8-190119 NF 
    187064T>C§ — 49785875 1.8 NP 15.4 NP NP NP NP NP NF F8-190196 NF 
Region, TU*Protein*GenBank*m-AFs, %†
F8 variation databases‡
TWAAChSEAJMISAAHAMSTeRS38,58 VDR53 dbSNP59 
Promoter              
    −825G>A — 49785830 0.9 NP 7.7 NP NP NP NP NP NF F8-002289 NF 
    −824G>A — 49785831 0.9 NP 7.7 NP NP NP NP NP NF F8-002290 NF 
    −493G>A — 49785832 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-002621 rs4898404 
    −385 A4>A5 — 49785833 0.9 NP NP NP NP NP 25.0 NP NF NF NF 
    −287T>C — 49785834 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 2              
    25610G>A — 49785835 0.5 NP 4.5 NP NP NP NP NP NF F8-028722 NF 
Intron 3              
    25865G>A — 49785836 0.5 NP 4.2 NP NP NP NP NP NF F8-028977 NF 
    25885G>C — 49785837 0.5 NP 4.2 NP NP NP NP NP NF F8-028997 NF 
    29567C>T — 49785838 0.5 NP NP NP NP NP NP 12.5 NF NF NF 
Intron 4              
    29854T>C — 49785839 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 5              
    35518C>G — 49785840 0.9 NP 8.0 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 6              
    53034A>G§ — 49785841 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
Exon 7              
    53206G>T§ W255C 49785842 0.5 NP NP NP 6.7 NP NP NP NA NF NF 
Intron 7              
    55938C>A§ — 49785843 0.5 NP NP NP 6.7 NP NP NP NF NF NF 
    56010G>A§ — 49785844 9.6 6.4 26.9 7.7 NP 12.5 12.5 25.0 + F8-059122 rs7058826 
Exon 8              
    56113G>A§ A343A 49785845 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP + F8-059225 rs1800289 
Intron 9              
    61534T>C — 49785846 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-064646 rs5986899 
Exon 10              
    61620G>A R484H 49785847 0.9 NP 8.3 NP NP NP NP NP + NF NF 
Intron 13              
    75215G>A —  0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-077273 rs5987069 
    90948A>G — 49785848 0.5 NP NP NP NP NP NP 12.5 NF NF NF 
Exon 14              
    91317A>G R776G 49785849 0.5 NP NP 7.7 NP NP NP NP NF NF rs2228152 
    92555C>T§ H1188H 49785850 0.5 NP 4.3 NP NP NP NP NP NF F8-095667 NF 
    92714C>G§ D1241E 49785851 14.7 7.7 72.7 7.7 NP 12.5 12.5 25.0 + F8-095826 rs1800291 
    92798A>C§ S1269S 49785852 7.7 6.3 3.8 7.7 20.0 NP 12.5 25.0 + F8-095910 rs1800292 
    92927G>A K1312K 49785853 0.5 NP NP NP 6.7 NP NP NP NF NF NF 
    93401C>G V1470V 49785854 0.5 NP 4.5 NP NP NP NP NP NF NF NF 
    93434G>A P1481P 49785855 0.9 NP 9.1 NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 15              
    116434C>T — 49785856 0.5 NP NP 7.7 NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 18              
    118909T>A§ — 49785857 20.3 14.6 84.6 7.7 14.3 NP 42.9 37.5 + F8-122021 rs4898352 
Intron 19              
    120776T>C§ — 49785858 24.5 17.3 75.0 7.7 16.7 NP 37.5 50.0 + F8-123888 rs4074307 
Intron 22              
    158352C>T — 49785859 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    158368T>C — 49785860 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF F8-161500 NF 
    158635C>T — 49785861 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-161767 rs5987054 
    158777A>G — 49785862 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    158820C>T — 49785863 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-161952 rs5987053 
    159087G>A — 49785864 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
Intron 23              
    159874G>A§ — 49785865 1.4 1.4 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-163006 NF 
Intron 24              
    162013G>T§ — 49785866 3.3 5.0 NP NP NP NP NP NP NF F8-165145 NF 
Exon 25              
    162161A>G§ M2238V 49785867 1.8 NP 15.4 NP NP NP NP NP + F8-165293 rs17051967 
Intron 25              
    162475T>C§ — 49785868 4.1 5.6 NP NP NP NP NP 12.5 NF F8-165607 NF 
3′ UTR              
    185156C>T§ — 49785869 0.5 NP 3.8 NP NP NP NP NP NF F8-188288 rs5986887 
    186341G>A§ — 49785870 0.5 NP NP NP NP 12.5 NP NP NF NF NF 
    186506A>G§ — 49785871 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    186602C>T§ — 49785872 0.5 0.7 NP NP NP NP NP NP NF NF NF 
    186799G>A§ — 49785873 24.8 17.4 76.9 NP 13.3 NP 50.0 50.0 + F8-189931 rs1050705 
3′ DNA              
    186987T>G§ — 49785874 0.9 NP 9.1 NP NP NP NP NP NF F8-190119 NF 
    187064T>C§ — 49785875 1.8 NP 15.4 NP NP NP NP NP NF F8-190196 NF 

Except for the mild hemophilic missense mutation W255C, the coding region variants in italics represent ns-SNPs that encode the amino-acid substitutions listed.

T indicates total; W, the 68 SW and 18 WA subjects, which were considered together; HAMSTeRS, Hemophilia A Mutation, Structure, Test, and Resource Site; VDR, Variation Discovery Resource (UW-FHCRC); dbSNP (NCBI); —, polymorphisms located outside of the F8 coding sequence; NP, not polymorphic; NF, not found; NA, not applicable; and +, a previously known polymorphism.

*

Polymorphisms are designated by genic region; nt alleles and position in the TU (start site and adjacent 5′ base are designated as nt 1 and −1, respectively); amino acid alleles and position in the mature plasma protein; and GenBank number for dbSNP submission.

†

Estimated from subjects in either the total VDG or each of its racial groups separately. Genotypic data were not complete for all variants and resulted in denominators that varied from the maximum number of distinct X-chromosomes (see “Patients, materials, and methods”).

‡

Public databases with F8 polymorphisms.

§

Twenty-one SNPs contained in the 9 amplicons generated to genotype GAIT subjects for the subset of 12 that were located in a functional-gene region and variable in at least white individuals.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal