Table 3.

Detailed genetic results with in silico analysis in 52 pES

PatientsGeneticcDNA mutationProtein level mutationZygosityProtein function impactMethodOMIM no.PolyPhen2SIFTCADDMAFGnomeAD
Pathogenic             
 P1 TNFRSF6 germline 335-12C>G NA Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA NA 0 0 
 P2 TNFRSF6 germline 808_815del D269fsX277 Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA NA 0 0 
 P3 TNFRSF6 germline 748C>T R250X Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA 41 0 0 
 P4 TNFRSF6 germline 709G>C A237P Heterozygous LOF Sanger 134637 1 0.01 23.6 0 0 
 P5 TNFRSF6 germline 806_807del D269fsX279 Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA NA 0 0 
 P6 TNFRSF6 germline 506-2A>G NA Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA 22.4 0 0 
 P7 CTLA4 410C>T P137L Heterozygous LOF TNGS 123890 1 0 27 0 0 
 P8 CTLA4 151C>T R51X Heterozygous LOF Sanger 123890 0.999 0 36 0 0 
 P9 CTLA4 208C>T R70W Heterozygous LOF TNGS 123890 0.999 0 32 0 0 
 P10 CTLA4 110-2A>G NA Heterozygous LOF TNGS 123890 NA NA 21 0 0 
 P11 CTLA4 151C>T R51X Heterozygous LOF TNGS 123890 0.999 0 36 0 0 
 P12 CTLA4 316A>C T106P Heterozygous LOF Sanger 123890 0.653 0.17 14.4 0 0 
 P13 CTLA4 c.109 + 1092_568-512del p.M38Kfs*22 Heterozygous LOF Sanger 123890 NA NA NA 0 0 
 P14 CTLA4 172T>G C58G Heterozygous LOF TNGS 123890 0.998 0 23.9 0 0 
 P15 STAT3 1988 C>T T663I Heterozygous GOF TNGS 102582 0.997 0.02 21.8 0 0 
 P16 STAT3 2147C>T T716M Heterozygous GOF TNGS 102582 0.995 0.13 18.4 0 0 
 P17 STAT3 1261G>A G421R Heterozygous GOF TNGS 102582 1 0 35 0 0 
 P18 STAT3 1255G>C G419R Heterozygous GOF TNGS 102582 0.986 0.42 25.3 0 0 
 P19 STAT3 1919A>T Y640F Heterozygous GOF TNGS 102582 0.999 0.34 24.2 0 0 
 P20 STAT3 2144C>T P715L Heterozygous GOF TNGS 102582 1 0.11 25.6 0 0 
 P21 PIK3CD 3061G>A E1021K Heterozygous GOF TNGS 602839 0.999 0.01 31 0 0 
 P22 CBL 1420G>A A474T Heterozygous LOF TNGS 165360 0.536 0.06 25 0 0 
 P23 ADAR1 3019G>A G1007R Heterozygous LOF TNGS 146920 1 0.05 34 0 0 
 P24 LRBA 2450+1C>T E789fsX792 Homozygous LOF TNGS 606453 NA NA 25.9 0 0 
 P25 LRBA del exon 18 to 30 del exon 18 to 30 Homozygous LOF WB 606453 NA NA NA 0 0 
 P26 LRBA 1691delT L564RfsX25 Homozygous LOF TNGS 606453 NA NA NA 0 0 
 P27 LRBA 7620_7621 insT A2541YfsX2542 Homozygous LOF TNGS 606453 NA NA NA 0 0 
 P28 RAG1 110C>A S37Y Compound LOF TNGS 179615 0.974 0 26.4 4.066 × 10−6 2 
  2657T>C M886T Heterozygous LOF   0.036 0.02 17.8 8.144 × 10−6 1 
 P29 RAG1 335G>T R112L Compound LOF TNGS 179615 0.953 NA 29.2 0 0 
  2259T>A H753Q Heterozygous LOF   0.978 NA 17.49 0 0 
 P30 TNFRSF6 somatic 749G>A R250Q Heterozygous LOF Sanger 134637 1 0 33 0 0 
 P31 KRAS somatic 37 G>T G13C Heterozygous GOF TNGS 190070 1 0 33 0 0 
 P32 KRAS somatic 37 G>T G13C Heterozygous GOF Sanger 190070 1 0 33 0 0 
Probably pathogenic             
 P33 TNFR2 c.482G>A C161Y Heterozygous Likely GOF TNGS 191191 0.998 0 23.4 0 0 
 P34 IFNAR1* 71C>T A24V Homozygous Likely LOF WES 107450 0.286 0.12 23.2 8.408 × 10−6 2 
 P35 TGFBR2 851A>G Y284C Heterozygous Likely LOF TNGS 190182 0.989 0 26.6 1.638 × 10−5 4 
 P36 JAK1 c.1981G>A p.V661M Heterozygous Likely GOF TNGS 147795 0.661 0.1 23.8 7.226 × 10−6 2 
 P37 JAK1 c.17T>C pI6T Heterozygous Likely GOF TNGS 147795 0.011 0.04 23.6 0 0 
 P38 JAK2 c.980G>T p.S327I Heterozygous Likely GOF TNGS 147796 0.851 0.06 24 1.228 × 10−5 3 
 P39 PLCG2 2625C>G I875M Heterozygous Likely GOF TNGS 600220 0.316 0.06 22.1 0 0 
 P40 TRAF3 1591G>T A531S Heterozygous Likely GOF TNGS 601896 1 0 28.3 0 0 
 P41 CARD11 3410A>T D1137V Heterozygous Likely GOF TNGS 607210 0.375 0.04 24 1.805 × 10−5 5 
 P42 ARHGEF4 1328C>T 443L Heterozygous Likely GOF TNGS 605216 0.995 0.07 27.5 0 0 
 P43 PTPN11 659G>A R220H Heterozygous Likely GOF TNGS 176876 0.001 0.03 26.1 4.063 × 10−6 1 
 P44 PARP4 3284_3285delAG −2ex 26 NA Compound Likely LOF TNGS 607519 NA NA NA 0 0 
  3426C>G H1142Q Heterozygous Likely LOF   0.971 0.04 17.1 0 0 
 P45 RIPK2 593A>G Y198C Heterozygous Likely LOF TNGS 603455 1 0 28.2 0 0 
 P46 RIPK2 698C>G T233S Heterozygous Likely LOF TNGS 603455 0.751 0.14 23.3 0 0 
 P47 APAF1 677G>A R226H Heterozygous Likely GOF TNGS 602233 0.999 0 34 8.122 × 10−6 2 
 P48 NFATC1 c.613G>A p.E205K Heterozygous Likely GOF TNGS 600489 0.629 0.5 21 0 0 
 P49 NFATC1 c.1226+8G>A NA Heterozygous Likely GOF TNGS 600489 NA NA 6.6 8.527 × 10−6 1 
 P50 IKZF1 548G>A R183H Heterozygous Likely GOF TNGS 603023 0.998 0 33 0 0 
 P51 IKZF1 1499A>G Q500R Heterozygous Likely GOF TNGS 603023 0.154 0.12 22 0 0 
 P52 IKZF2 659A>G N220S Heterozygous Likely LOF TNGS 606234 0.986 0.51 21.4 4.478 × 10−5 11 (0/110 000 in European) 
PatientsGeneticcDNA mutationProtein level mutationZygosityProtein function impactMethodOMIM no.PolyPhen2SIFTCADDMAFGnomeAD
Pathogenic             
 P1 TNFRSF6 germline 335-12C>G NA Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA NA 0 0 
 P2 TNFRSF6 germline 808_815del D269fsX277 Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA NA 0 0 
 P3 TNFRSF6 germline 748C>T R250X Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA 41 0 0 
 P4 TNFRSF6 germline 709G>C A237P Heterozygous LOF Sanger 134637 1 0.01 23.6 0 0 
 P5 TNFRSF6 germline 806_807del D269fsX279 Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA NA 0 0 
 P6 TNFRSF6 germline 506-2A>G NA Heterozygous LOF Sanger 134637 NA NA 22.4 0 0 
 P7 CTLA4 410C>T P137L Heterozygous LOF TNGS 123890 1 0 27 0 0 
 P8 CTLA4 151C>T R51X Heterozygous LOF Sanger 123890 0.999 0 36 0 0 
 P9 CTLA4 208C>T R70W Heterozygous LOF TNGS 123890 0.999 0 32 0 0 
 P10 CTLA4 110-2A>G NA Heterozygous LOF TNGS 123890 NA NA 21 0 0 
 P11 CTLA4 151C>T R51X Heterozygous LOF TNGS 123890 0.999 0 36 0 0 
 P12 CTLA4 316A>C T106P Heterozygous LOF Sanger 123890 0.653 0.17 14.4 0 0 
 P13 CTLA4 c.109 + 1092_568-512del p.M38Kfs*22 Heterozygous LOF Sanger 123890 NA NA NA 0 0 
 P14 CTLA4 172T>G C58G Heterozygous LOF TNGS 123890 0.998 0 23.9 0 0 
 P15 STAT3 1988 C>T T663I Heterozygous GOF TNGS 102582 0.997 0.02 21.8 0 0 
 P16 STAT3 2147C>T T716M Heterozygous GOF TNGS 102582 0.995 0.13 18.4 0 0 
 P17 STAT3 1261G>A G421R Heterozygous GOF TNGS 102582 1 0 35 0 0 
 P18 STAT3 1255G>C G419R Heterozygous GOF TNGS 102582 0.986 0.42 25.3 0 0 
 P19 STAT3 1919A>T Y640F Heterozygous GOF TNGS 102582 0.999 0.34 24.2 0 0 
 P20 STAT3 2144C>T P715L Heterozygous GOF TNGS 102582 1 0.11 25.6 0 0 
 P21 PIK3CD 3061G>A E1021K Heterozygous GOF TNGS 602839 0.999 0.01 31 0 0 
 P22 CBL 1420G>A A474T Heterozygous LOF TNGS 165360 0.536 0.06 25 0 0 
 P23 ADAR1 3019G>A G1007R Heterozygous LOF TNGS 146920 1 0.05 34 0 0 
 P24 LRBA 2450+1C>T E789fsX792 Homozygous LOF TNGS 606453 NA NA 25.9 0 0 
 P25 LRBA del exon 18 to 30 del exon 18 to 30 Homozygous LOF WB 606453 NA NA NA 0 0 
 P26 LRBA 1691delT L564RfsX25 Homozygous LOF TNGS 606453 NA NA NA 0 0 
 P27 LRBA 7620_7621 insT A2541YfsX2542 Homozygous LOF TNGS 606453 NA NA NA 0 0 
 P28 RAG1 110C>A S37Y Compound LOF TNGS 179615 0.974 0 26.4 4.066 × 10−6 2 
  2657T>C M886T Heterozygous LOF   0.036 0.02 17.8 8.144 × 10−6 1 
 P29 RAG1 335G>T R112L Compound LOF TNGS 179615 0.953 NA 29.2 0 0 
  2259T>A H753Q Heterozygous LOF   0.978 NA 17.49 0 0 
 P30 TNFRSF6 somatic 749G>A R250Q Heterozygous LOF Sanger 134637 1 0 33 0 0 
 P31 KRAS somatic 37 G>T G13C Heterozygous GOF TNGS 190070 1 0 33 0 0 
 P32 KRAS somatic 37 G>T G13C Heterozygous GOF Sanger 190070 1 0 33 0 0 
Probably pathogenic             
 P33 TNFR2 c.482G>A C161Y Heterozygous Likely GOF TNGS 191191 0.998 0 23.4 0 0 
 P34 IFNAR1* 71C>T A24V Homozygous Likely LOF WES 107450 0.286 0.12 23.2 8.408 × 10−6 2 
 P35 TGFBR2 851A>G Y284C Heterozygous Likely LOF TNGS 190182 0.989 0 26.6 1.638 × 10−5 4 
 P36 JAK1 c.1981G>A p.V661M Heterozygous Likely GOF TNGS 147795 0.661 0.1 23.8 7.226 × 10−6 2 
 P37 JAK1 c.17T>C pI6T Heterozygous Likely GOF TNGS 147795 0.011 0.04 23.6 0 0 
 P38 JAK2 c.980G>T p.S327I Heterozygous Likely GOF TNGS 147796 0.851 0.06 24 1.228 × 10−5 3 
 P39 PLCG2 2625C>G I875M Heterozygous Likely GOF TNGS 600220 0.316 0.06 22.1 0 0 
 P40 TRAF3 1591G>T A531S Heterozygous Likely GOF TNGS 601896 1 0 28.3 0 0 
 P41 CARD11 3410A>T D1137V Heterozygous Likely GOF TNGS 607210 0.375 0.04 24 1.805 × 10−5 5 
 P42 ARHGEF4 1328C>T 443L Heterozygous Likely GOF TNGS 605216 0.995 0.07 27.5 0 0 
 P43 PTPN11 659G>A R220H Heterozygous Likely GOF TNGS 176876 0.001 0.03 26.1 4.063 × 10−6 1 
 P44 PARP4 3284_3285delAG −2ex 26 NA Compound Likely LOF TNGS 607519 NA NA NA 0 0 
  3426C>G H1142Q Heterozygous Likely LOF   0.971 0.04 17.1 0 0 
 P45 RIPK2 593A>G Y198C Heterozygous Likely LOF TNGS 603455 1 0 28.2 0 0 
 P46 RIPK2 698C>G T233S Heterozygous Likely LOF TNGS 603455 0.751 0.14 23.3 0 0 
 P47 APAF1 677G>A R226H Heterozygous Likely GOF TNGS 602233 0.999 0 34 8.122 × 10−6 2 
 P48 NFATC1 c.613G>A p.E205K Heterozygous Likely GOF TNGS 600489 0.629 0.5 21 0 0 
 P49 NFATC1 c.1226+8G>A NA Heterozygous Likely GOF TNGS 600489 NA NA 6.6 8.527 × 10−6 1 
 P50 IKZF1 548G>A R183H Heterozygous Likely GOF TNGS 603023 0.998 0 33 0 0 
 P51 IKZF1 1499A>G Q500R Heterozygous Likely GOF TNGS 603023 0.154 0.12 22 0 0 
 P52 IKZF2 659A>G N220S Heterozygous Likely LOF TNGS 606234 0.986 0.51 21.4 4.478 × 10−5 11 (0/110 000 in European) 

CADD, Combined Annotation-Dependent Depletion; cDNA, complementary DNA; MAF, minor allele frequency; NA, not applicable; OMIM, Online Mendelian Inheritance in Man; SIFT, Sorting Intolerant from Tolerant; TNGS, targeted next-generation sequencing; WB, western blot; WES, whole-exome sequencing. See Table 2 for expansion of other abbreviations.

*

Patient PBMCs were shown to have impaired induction of interferon-stimulated genes (n = 6) after stimulation by IFNα comparatively to control cells.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal