Table 2.

Primer Mix Composition for HLA Class I PCR-SSP Typing

LanePMPrimerSize (bp)Alleles amplified
 1 151 286 + 431 629 A*0101-4N 
 2 3 296 + 302 489 A*0201-27 
 3 4 291 + 299 628 A*0301-4 
 4 5 284 + 302 464 A*2301,A*2402-14 
 5 6 292 + 249 557 A*2301,A*2413 
 6 9 193 + 298 440 A*2501-2,A*2601-11N,A*3401-2,A*6601-3 
 7 10 294 + 298 400 A*2501-2 
 8 12 174 + 298 442 A*4301 
 9 13 239 + 451 + 168 170 A*2609,A*3401-2 
10 14 290 + 475 + 298 419 A*2502,A*3401-2,A*6601-2 
11 225 290 + 303 + 167 520/552 A*1101-4,A*2502,A*6601 
12 152 174 + 300 465 A*2901-3 
13 18 295 + 301 561 A*3001-6 
14 184 434 + 486 198 A*31012 
15 153 173 + 234 259 A*3201-2 
16 154 434 + 429 200 A*3301/3 
17 226 193 + 302 468 A*6801-8,A*6901 
18 24 290 + 171 383 A*6901 
19 34 193 + 221 619 B*0702-9,B*8101 
20 155 195 + 220 606 B*0801-3 
21 160 202 + 272 + 285 + 393 480/546 B*1804,B*3519,B*4003/9/18,B*4402-7/9 
22 42 192 + 220 605 B*4101-3 
23 44 192 + 247 465 B*1533,B*4001-6/9-12/14-18,B*4101-3,B*4801/3/4 
24 45 272 + 218 627 B*4001-4/6-11/14/16-18,B*4701-3 
25 46 280 + 229 607 B*4001/7 
26 47 243 + 215 486 B*1301-3 
27 48 197 + 127 389 B*1401-4 
28 49 205 + 232 182 B*1402-3/5,B*3904 
29 50 207 + 217 507 B*3901-12,B*6701 
30 172 208 + 435 + 217 498/508 B*3801-2 
31 56 194 + 213 374 B*5801-2 
32 55 194 + 224 351 B*5701-4 
33 57 187 + 214 458 B*1801-5 
34 58 209 + 236 422 B*3906,B*5501-3/5,B*5601,B*5901,B*7301 
35 59 242 + 215 383 B*4501,B*5001-2,B*5401,B*5501-3/5,B*5601-2/4,B*8201 
36 60 203 + 238 551 B*5601-4 
37 61 395 + 236 421 B*5401 
38 62 280 + 281 + 282 149/150 B*2701-11 
39 64 192 + 392 422 B*3701,B*3902/8 
40 65 192 + 228 414 B*3702,B*4701-3 
41 67 203 + 220 594 B*4021-2 
42 69 194 + 225 516 B*1516-17 
43 70 240 + 241 460 B*4601 
44 72 243 + 250 124 B*1501-2/4-8/11-12/14-15/19-21/25-28/30-35/38-40 
45 73 192 + 214 421 B*1304,B*1501/3-7/12/14/19-20/24-27/32-35/38-40,B*4802 
46 79 193 + 223 369 B*1502/13/21,B*3501-4/6-9/11-12/15/18-21/23-24,B*4406,B*5104,B*5301-2 
47 80 188 + 237 128 B*1522,B*1801-5,B*3501-13/15-18/20-24,B*7801-2 
48 81 195 + 213 + 277 389/390 B*3501-9/11/15/17-19/21/23-24,B*5301-2 
49 82 207 + 216 400 B*1509,B*7801-2 
50 84 193 + 216 451 B*1509,B*5101-9/11N,B*7801-2 
51 85 192 + 216 440 B*5201 
52 86 368 + 315 340 Cw*0102-3 
53 87 366 + 145 522 Cw*0202-3,Cw*1701-2 
54 88 368 + 389 564 Cw*0302-6/8-9 
55 89 366 + 143 331 Cw*0401-5,Cw*1801-2 
56 90 366 + 379 564 Cw*0501 
57 91 367 + 127 297 Cw*0602-4 
58 93 313 + 184 516 Cw*0701/6/7 
59 94 367 + 183 302 Cw*0702/3/10 
60 275 271 + 143 500 B*8201,Cw*0708,Cw*1801-2 
61 96 367 + 379 536 Cw*0704 
62 182 165 + 166 + 317 160/625 Cw*0801-4 
63 99 159 + 389 523 Cw*0303 
64 201 130 + 160 + 389 206/522 Cw*0302/4-6/8-9 
65 245 507 + 215 407 Cw*1502 
66 102 369 + 126 538 Cw*1202 
67 103 368 + 157 446 Cw*1203/6 
68 104 371 + 388 541 Cw*1402-3 
69 106 366 + 223 318 Cw*1502-6 
70 107 366 + 382 502 Cw*0203,Cw*0404,Cw*0604,Cw*0707,Cw*1502-6,Cw*1701-2 
71 109 368 + 146 513 Cw*1601 
72 110 366 + 146 503 Cw*1602 
73 111 366 + 377 502 Cw*0202,Cw*0602-3,Cw*1204-5 
LanePMPrimerSize (bp)Alleles amplified
 1 151 286 + 431 629 A*0101-4N 
 2 3 296 + 302 489 A*0201-27 
 3 4 291 + 299 628 A*0301-4 
 4 5 284 + 302 464 A*2301,A*2402-14 
 5 6 292 + 249 557 A*2301,A*2413 
 6 9 193 + 298 440 A*2501-2,A*2601-11N,A*3401-2,A*6601-3 
 7 10 294 + 298 400 A*2501-2 
 8 12 174 + 298 442 A*4301 
 9 13 239 + 451 + 168 170 A*2609,A*3401-2 
10 14 290 + 475 + 298 419 A*2502,A*3401-2,A*6601-2 
11 225 290 + 303 + 167 520/552 A*1101-4,A*2502,A*6601 
12 152 174 + 300 465 A*2901-3 
13 18 295 + 301 561 A*3001-6 
14 184 434 + 486 198 A*31012 
15 153 173 + 234 259 A*3201-2 
16 154 434 + 429 200 A*3301/3 
17 226 193 + 302 468 A*6801-8,A*6901 
18 24 290 + 171 383 A*6901 
19 34 193 + 221 619 B*0702-9,B*8101 
20 155 195 + 220 606 B*0801-3 
21 160 202 + 272 + 285 + 393 480/546 B*1804,B*3519,B*4003/9/18,B*4402-7/9 
22 42 192 + 220 605 B*4101-3 
23 44 192 + 247 465 B*1533,B*4001-6/9-12/14-18,B*4101-3,B*4801/3/4 
24 45 272 + 218 627 B*4001-4/6-11/14/16-18,B*4701-3 
25 46 280 + 229 607 B*4001/7 
26 47 243 + 215 486 B*1301-3 
27 48 197 + 127 389 B*1401-4 
28 49 205 + 232 182 B*1402-3/5,B*3904 
29 50 207 + 217 507 B*3901-12,B*6701 
30 172 208 + 435 + 217 498/508 B*3801-2 
31 56 194 + 213 374 B*5801-2 
32 55 194 + 224 351 B*5701-4 
33 57 187 + 214 458 B*1801-5 
34 58 209 + 236 422 B*3906,B*5501-3/5,B*5601,B*5901,B*7301 
35 59 242 + 215 383 B*4501,B*5001-2,B*5401,B*5501-3/5,B*5601-2/4,B*8201 
36 60 203 + 238 551 B*5601-4 
37 61 395 + 236 421 B*5401 
38 62 280 + 281 + 282 149/150 B*2701-11 
39 64 192 + 392 422 B*3701,B*3902/8 
40 65 192 + 228 414 B*3702,B*4701-3 
41 67 203 + 220 594 B*4021-2 
42 69 194 + 225 516 B*1516-17 
43 70 240 + 241 460 B*4601 
44 72 243 + 250 124 B*1501-2/4-8/11-12/14-15/19-21/25-28/30-35/38-40 
45 73 192 + 214 421 B*1304,B*1501/3-7/12/14/19-20/24-27/32-35/38-40,B*4802 
46 79 193 + 223 369 B*1502/13/21,B*3501-4/6-9/11-12/15/18-21/23-24,B*4406,B*5104,B*5301-2 
47 80 188 + 237 128 B*1522,B*1801-5,B*3501-13/15-18/20-24,B*7801-2 
48 81 195 + 213 + 277 389/390 B*3501-9/11/15/17-19/21/23-24,B*5301-2 
49 82 207 + 216 400 B*1509,B*7801-2 
50 84 193 + 216 451 B*1509,B*5101-9/11N,B*7801-2 
51 85 192 + 216 440 B*5201 
52 86 368 + 315 340 Cw*0102-3 
53 87 366 + 145 522 Cw*0202-3,Cw*1701-2 
54 88 368 + 389 564 Cw*0302-6/8-9 
55 89 366 + 143 331 Cw*0401-5,Cw*1801-2 
56 90 366 + 379 564 Cw*0501 
57 91 367 + 127 297 Cw*0602-4 
58 93 313 + 184 516 Cw*0701/6/7 
59 94 367 + 183 302 Cw*0702/3/10 
60 275 271 + 143 500 B*8201,Cw*0708,Cw*1801-2 
61 96 367 + 379 536 Cw*0704 
62 182 165 + 166 + 317 160/625 Cw*0801-4 
63 99 159 + 389 523 Cw*0303 
64 201 130 + 160 + 389 206/522 Cw*0302/4-6/8-9 
65 245 507 + 215 407 Cw*1502 
66 102 369 + 126 538 Cw*1202 
67 103 368 + 157 446 Cw*1203/6 
68 104 371 + 388 541 Cw*1402-3 
69 106 366 + 223 318 Cw*1502-6 
70 107 366 + 382 502 Cw*0203,Cw*0404,Cw*0604,Cw*0707,Cw*1502-6,Cw*1701-2 
71 109 368 + 146 513 Cw*1601 
72 110 366 + 146 503 Cw*1602 
73 111 366 + 377 502 Cw*0202,Cw*0602-3,Cw*1204-5 

All primer mixes have previously been described in Bunce et al.19 

Abbreviations: PM, primer mix; Size, size of PCR product.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal