p15, p14, and p16 Gene Methylation, Mutation, and Expression in 56 BCL and TCL
| Histology . | Case . | p15 . | p14 . | p16 . | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| REP . | MUT . | EXP . | REP . | MUT . | EXP . | REP . | MSP1 . | MSP2 . | BGS . | MUT . | EXP . | ||
| BCL | |||||||||||||
| Lymphocytic | 1 | + | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 2 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 3 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 4 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 5 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 6 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 7 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Mantle cell | 9 | + | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 10 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 11 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 12 | + | − | − | − | + | + | + | − | |||||
| 13 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 14 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Marginal zone | 15 | + | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| Follicle center | 16 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | |
| 17 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | ||
| 18 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | ||
| 19 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 20 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 21 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | ||
| 22 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 23 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 24 | + | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | ||
| 25 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | ||
| 26 | + | − | − | − | + | − | − | − | |||||
| 27 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 28 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 29 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Large cell, centroblastic | 30 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | |
| 31 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 32 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 33 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | HD | − | − | |
| 34 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 35 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | ||
| 36 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | LD | − | + | |
| 37 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 42 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | HD | − | − | |
| Large cell, immunoblastic | 40 | + | − | − | − | + | + | + | − | ||||
| 41 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | ||
| Large cell, mediastinal | 38 | − | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 39 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Large cell, T-cell rich | 43 | + | − | − | − | + | + | + | − | ||||
| Burkitt-like | 44 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | HD | − | − |
| 45 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Burkitt’s | 46 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | |
| 47 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | LD | − | − | |
| TCL | |||||||||||||
| ALCL | 48 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | |
| 49 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| PTCL | 50 | − | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 51 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 52 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 53 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 54 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 55 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 56 | + | − | − | − | + | + | + | − | |||||
| Histology . | Case . | p15 . | p14 . | p16 . | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| REP . | MUT . | EXP . | REP . | MUT . | EXP . | REP . | MSP1 . | MSP2 . | BGS . | MUT . | EXP . | ||
| BCL | |||||||||||||
| Lymphocytic | 1 | + | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 2 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 3 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 4 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 5 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 6 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 7 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Mantle cell | 9 | + | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 10 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 11 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 12 | + | − | − | − | + | + | + | − | |||||
| 13 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 14 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Marginal zone | 15 | + | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| Follicle center | 16 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | |
| 17 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | ||
| 18 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | ||
| 19 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 20 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 21 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | ||
| 22 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 23 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 24 | + | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | ||
| 25 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | ||
| 26 | + | − | − | − | + | − | − | − | |||||
| 27 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 28 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 29 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Large cell, centroblastic | 30 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | |
| 31 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 32 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 33 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | HD | − | − | |
| 34 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 35 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | ||
| 36 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | LD | − | + | |
| 37 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 42 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | HD | − | − | |
| Large cell, immunoblastic | 40 | + | − | − | − | + | + | + | − | ||||
| 41 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | ||
| Large cell, mediastinal | 38 | − | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 39 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Large cell, T-cell rich | 43 | + | − | − | − | + | + | + | − | ||||
| Burkitt-like | 44 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | HD | − | − |
| 45 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| Burkitt’s | 46 | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | |
| 47 | + | − | − | − | − | + | + | − | − | LD | − | − | |
| TCL | |||||||||||||
| ALCL | 48 | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | − | |
| 49 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| PTCL | 50 | − | − | − | − | − | − | − | − | ||||
| 51 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 52 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 53 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 54 | − | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 55 | + | − | − | − | − | − | − | − | |||||
| 56 | + | − | − | − | + | + | + | − | |||||
Abbreviations: REP, methylation status analyzed by restriction enzyme–related PCR (+, methylated; −, unmethylated); MSP1 and MSP2, methylation status analyzed by methylation-specific PCR using respectively the primer sets indicated under K and L in Table 1 (+, methylated; −, unmethylated); BGS, density of methylated CpG dinucleotides analyzed by bisulfite genomic sequencing (HD, high density; LD, low density); MUT, mutation analysis by PCR-SSCP (−, wild type); EXP, gene mRNA expression analyzed by RT-PCR (+, expression; −, no expression).