Table 1. Analysis of TCRB, TCRD, IGH,... | American Society of Hematology

Table 1.

Analysis of TCRB, TCRD, IGH, and IGLgene rearrangements

Analyzed Gene	V Gene Segment	Del	Junctional Region	Del	D Gene Segment	Del	Junctional Region	Del	D Gene Segment	Del	Junctional Region	Del	J Gene Segment	Frame
TCRB	Vβ13.4	?	TATCTTG	−3	Dβ1	−4	CC	—	—	—	—	−2	Jβ2.7	+
	Vβ17 (S1A1T)	−3	CGGTG	−4	Dβ1	−4	ACGGG	—	—	—	—	−6	Jβ1.1	+
	Vβ17 (S1A1T)	−3	CCT	—	—	—	—	—	—	—	—	−3	Jβ2.1	+
	Vβ12 (S1A1N2)	0	G	0	Dβ1	−6	AAAA	—	—	—	—	−2	Jβ2.1	+
TCRD	Vδ2	−11	—	−5	Dδ1	0	GGGGGGGG	−2	Dδ3	—	—	—	—	NA
	Vδ2	−6	ATGGGA	—	—	—	—	−3	Dδ3	—	—	—	—	NA
	—	—	—	—	Dδ2	−1	GCGTTAGATC	−4	Dδ3	0	CGT	0	Jδ1	NA
	—	—	—	—	Dδ2^*	−14	GGG^†	—	—	—	—	−4	Jδ1	NA
	—	—	—	—	Dδ2	−3	CGAGGAG	−2	Dδ3	−5	CTAT	−4	Jδ1	NA
	Vδ1	0	AC	—	—	—	—	−5	Dδ3	−4	CT	0	Jδ1	+
	Vδ1	−5	CCACCCGTACTGG	−2	Dδ2	−3	CCTGGG	−8	Dδ3	0	CGGGTTTGTC	−7	Jδ1	+
	Vδ3	0	A	−3	Dδ2	−2	GGT	0	Dδ3	−1	CGGGCGG	−1	Jδ1	+
	Vδ3	−2	GT	—	—	—	—	0	Dδ3	−5	—	0	Jδ1	+
	Vδ3	−4	CG	−3	Dδ2	−3	—	−1	Dδ3	−5	TTATCG	0	Jδ1	+
	Vδ2	0	GGAAC	0	Dδ2	−4	AGC	−3	Dδ3	−5	TTTGG	−4	Jδ1	+
	Vδ2	−1	—	—	—	—	—	−3	Dδ3	−6	—	−2	Jδ1	+
	Vδ2	−2	TG	—	—	—	—	−3	Dδ3	−2	ATGT	−3	Jδ1	−
	Vδ2	0	GGTTGG	0	Dδ1	−5	CCCG	−2	Dδ3	−6	—	−2	Jδ1	+
IGH	—	—	—	—	—	—	—	—	D_H2-15	−5	T	−2	J_H4	NA
IGL	Vλ2	−4	CCT	—	—	—	—	—	—	—	—	0	Jλ3	+

Analyzed Gene	V Gene Segment	Del	Junctional Region	Del	D Gene Segment	Del	Junctional Region	Del	D Gene Segment	Del	Junctional Region	Del	J Gene Segment	Frame
TCRB	Vβ13.4	?	TATCTTG	−3	Dβ1	−4	CC	—	—	—	—	−2	Jβ2.7	+
	Vβ17 (S1A1T)	−3	CGGTG	−4	Dβ1	−4	ACGGG	—	—	—	—	−6	Jβ1.1	+
	Vβ17 (S1A1T)	−3	CCT	—	—	—	—	—	—	—	—	−3	Jβ2.1	+
	Vβ12 (S1A1N2)	0	G	0	Dβ1	−6	AAAA	—	—	—	—	−2	Jβ2.1	+
TCRD	Vδ2	−11	—	−5	Dδ1	0	GGGGGGGG	−2	Dδ3	—	—	—	—	NA
	Vδ2	−6	ATGGGA	—	—	—	—	−3	Dδ3	—	—	—	—	NA
	—	—	—	—	Dδ2	−1	GCGTTAGATC	−4	Dδ3	0	CGT	0	Jδ1	NA
	—	—	—	—	Dδ2^*	−14	GGG^†	—	—	—	—	−4	Jδ1	NA
	—	—	—	—	Dδ2	−3	CGAGGAG	−2	Dδ3	−5	CTAT	−4	Jδ1	NA
	Vδ1	0	AC	—	—	—	—	−5	Dδ3	−4	CT	0	Jδ1	+
	Vδ1	−5	CCACCCGTACTGG	−2	Dδ2	−3	CCTGGG	−8	Dδ3	0	CGGGTTTGTC	−7	Jδ1	+
	Vδ3	0	A	−3	Dδ2	−2	GGT	0	Dδ3	−1	CGGGCGG	−1	Jδ1	+
	Vδ3	−2	GT	—	—	—	—	0	Dδ3	−5	—	0	Jδ1	+
	Vδ3	−4	CG	−3	Dδ2	−3	—	−1	Dδ3	−5	TTATCG	0	Jδ1	+
	Vδ2	0	GGAAC	0	Dδ2	−4	AGC	−3	Dδ3	−5	TTTGG	−4	Jδ1	+
	Vδ2	−1	—	—	—	—	—	−3	Dδ3	−6	—	−2	Jδ1	+
	Vδ2	−2	TG	—	—	—	—	−3	Dδ3	−2	ATGT	−3	Jδ1	−
	Vδ2	0	GGTTGG	0	Dδ1	−5	CCCG	−2	Dδ3	−6	—	−2	Jδ1	+
IGH	—	—	—	—	—	—	—	—	D_H2-15	−5	T	−2	J_H4	NA
IGL	Vλ2	−4	CCT	—	—	—	—	—	—	—	—	0	Jλ3	+

Del, deletion of germline gene segment nucleotides; P nucleotides are in boldface; NA, not applicable.

Only 5′ sequence of Dδ2 present.

Four nucleotides are required to identify Dδ3.