Table 1.

Spotted genes and intensities

GeneNBM IntensityK562 IntensityNBM/K562 Ratio
  1 γ-globin 3 667 38 316 0.10  (P)  
  2 TOPII 828 5 917 0.14  (P) 
  3 Ad08e03 583 3 947 0.15  (P) 
  4 Translin 549 3 429 0.16  (P) 
  5 Transglutaminase 613 3 486 0.18  (P) 
  6 NPM-1 4 813 25 864 0.19  (P) 
  7 p23 3 552 16 027 0.22  (P) 
  8 ε-globin 985 4 485 0.22  (P) 
  9 nm23-H2 3 711 16 038 0.23  (P) 
 10 TOM20 2 545 11 126 0.23  (P) 
 11 pim-1 1 840 7 740 0.24  (P) 
 12 Madp2 615 2 444 0.25  (P) 
 13 Stathmin 3 008 11 790 0.26  (P) 
 14 Dek 1 857 6 786 0.27  (P) 
 15 TFG 765 2 872 0.27  (P) 
 16 Triosephosphate isomerase 3 749 13 056 0.29  (P) 
 17 hmlh1 827 2 734 0.30  (P) 
 18 NADH B-12 1 456 4 601 0.32  (P) 
 19 Ad13f05 11 148 33 994 0.33  (P) 
 20 IMP 1 497 4 579 0.33  (P) 
 21 LCAT 5 513 16 188 0.34  (P) 
 22 XP-C protein 1 205 3 461 0.35  (P) 
 23 HMG SSRP1 2 649 7 299 0.36  (P) 
 24 Ferritin L chain 8 973 24 365 0.37  (P) 
 25 Odc1 2 082 5 619 0.37  (P) 
 26 APRT 1 754 4 545 0.39  (P) 
 27 Transferrin receptor 5 400 13 562 0.40  (P) 
 28 c-myb 1 223 2 954 0.41  (P) 
 29 NF45 2 955 7 079 0.42  (P) 
 30 hnRNP D 7 718 16 976 0.45  (P) 
 31 EF-1α 20 826 44 785 0.46  (P) 
 32 dbpB-like protein 1 363 2 902 0.47  (P) 
 33 Ad14g01 10 244 21 415 0.48  (P) 
 34 Mus ubc4 942 1 973 0.48  (P) 
 35 HMG-14 1 939 3 924 0.49  (P) 
 36 α-NAC 8 908 17 607 0.51  (P) 
 37 Ad03c11 1 682 3 220 0.52  (P) 
 38 Apo1 2 993 5 465 0.55  (P) 
 39 hEGR1 1 209 2 142 0.56  (P) 
 40 EGR1 1 019 1 787 0.57  (P) 
 41 KIAA0201 1 684 2 863 0.59  (P) 
 42 TOPO II BP 921 1 553 0.59  (P) 
 43 E2 protein 9 058 14 982 0.60  (P) 
 44 SON DNA binding protein 927 1 547 0.60  (P) 
 45 FUS 3 613 5 712 0.63  (P) 
 46 Phospholipase A2 4 028 6 211 0.65  (P) 
 47 MAN2A2 1 615 2 433 0.66  (P) 
 48 H3.3 gene exon 4 11 524 16 678 0.69  (P) 
 49 BLM 13 455 17 599 0.76  (P) 
 50 HMG-17 11 355 14 720 0.77  (P) 
 51 DIP1 8 658 10 932 0.79  (P) 
 52 HMG-1 10 144 12 019 0.84  (P) 
 53 PR264 5 400 6 400 0.84  (P) 
 54 Ad00178 8 092 9 147 0.88  (U) 
 55 Mitochondrial DNA, COIII 15 972 17 952 0.89  (U) 
 56 Ferrochelatase 5 148 4 395 1.2  (U) 
 57 Ad08f03 1 898 1 545 1.2  (U) 
 58 Glycophorin A 5 882 4 547 1.3  (U) 
 59 Ankyrin 3 573 2 847 1.3  (U) 
 60 TCTP 30 174 18 882 1.6  (D) 
 61 Actin 21 637 12 029 1.8  (D) 
 62 ERF-1 4 282 1 843 2.3  (D) 
 63 Ad02h07 3 734 707 5.3  (D) 
 64 Ad08c04 2 801 391 7.2  (D) 
 65 α-globin 32 620 4 241 7.7  (D)  
 66 CD36 4 864 506 9.6  (D) 
 67 CAI 27 090 933 29  (D) 
 68 δ-globin 25 847 745 35  (D) 
 69 CAII 7 405 150 49  (D) 
 70 c-fos 10 812 203 53  (D) 
 71 β-globin 40 383 333 120  (D) 
 72 ABL 255 1 110 0.23  (L) 
 73 PKCι 516 1 346 0.38  (L) 
 74 Ad00044 285 540 0.53  (L) 
 75 Ferritin H chain 674 1 125 0.60  (L) 
 76 Ad03e02 603 985 0.61  (L) 
 77 Ad07f01 257 424 0.61  (L) 
 78 TAL1 911 1 470 0.62  (L) 
 79 p21 822 1 310 0.63  (L) 
 80 M96 309 486 0.64  (L) 
 81 Ad12d02 871 1 241 0.70  (L) 
 82 KIAA0152 513 703 0.73  (L) 
 83 KIAA0806 587 788 0.74  (L) 
 84 Porcine inhibin subunit 555 720 0.77  (L) 
 85 TOPI 818 1 051 0.78  (L) 
 86 Ad08d07 234 265 0.88  (L) 
 87 XP22 201 222 0.90  (L) 
 88 Ad13d04 315 345 0.91  (L) 
 89 PSM 241 262 0.92  (L) 
 90 Ad09b01 724 765 0.95  (L) 
 91 Ad13f12 493 515 0.96  (L) 
 92 Ad14h09 238 248 0.96  (L) 
 93 HRX 494 492 1.0  (L) 
 94 MTG-8 179 149 1.2  (L) 
 95 Ad10e12 235 180 1.3  (L) 
 96 Ad08d12 206 164 1.3  (L) 
 97 Ad02e07 188 132 1.4  (L) 
 98 Ad14f03 1 347 870 1.5  (L) 
 99 CBF-A2 172 114 1.5  (L) 
100 Ad08g11 529 339 1.6  (L) 
101 Ad03c09 152 94 1.6  (L) 
102 Ad06b01 568 267 2.1  (L) 
103 AF9 445 56 7.9  (L) 
104 Blank 991 714 1.4  (L)  
105 Vector PCR 844 527 1.6  (L)  
106 Whole vector 382 156 2.4  (L) 
GeneNBM IntensityK562 IntensityNBM/K562 Ratio
  1 γ-globin 3 667 38 316 0.10  (P)  
  2 TOPII 828 5 917 0.14  (P) 
  3 Ad08e03 583 3 947 0.15  (P) 
  4 Translin 549 3 429 0.16  (P) 
  5 Transglutaminase 613 3 486 0.18  (P) 
  6 NPM-1 4 813 25 864 0.19  (P) 
  7 p23 3 552 16 027 0.22  (P) 
  8 ε-globin 985 4 485 0.22  (P) 
  9 nm23-H2 3 711 16 038 0.23  (P) 
 10 TOM20 2 545 11 126 0.23  (P) 
 11 pim-1 1 840 7 740 0.24  (P) 
 12 Madp2 615 2 444 0.25  (P) 
 13 Stathmin 3 008 11 790 0.26  (P) 
 14 Dek 1 857 6 786 0.27  (P) 
 15 TFG 765 2 872 0.27  (P) 
 16 Triosephosphate isomerase 3 749 13 056 0.29  (P) 
 17 hmlh1 827 2 734 0.30  (P) 
 18 NADH B-12 1 456 4 601 0.32  (P) 
 19 Ad13f05 11 148 33 994 0.33  (P) 
 20 IMP 1 497 4 579 0.33  (P) 
 21 LCAT 5 513 16 188 0.34  (P) 
 22 XP-C protein 1 205 3 461 0.35  (P) 
 23 HMG SSRP1 2 649 7 299 0.36  (P) 
 24 Ferritin L chain 8 973 24 365 0.37  (P) 
 25 Odc1 2 082 5 619 0.37  (P) 
 26 APRT 1 754 4 545 0.39  (P) 
 27 Transferrin receptor 5 400 13 562 0.40  (P) 
 28 c-myb 1 223 2 954 0.41  (P) 
 29 NF45 2 955 7 079 0.42  (P) 
 30 hnRNP D 7 718 16 976 0.45  (P) 
 31 EF-1α 20 826 44 785 0.46  (P) 
 32 dbpB-like protein 1 363 2 902 0.47  (P) 
 33 Ad14g01 10 244 21 415 0.48  (P) 
 34 Mus ubc4 942 1 973 0.48  (P) 
 35 HMG-14 1 939 3 924 0.49  (P) 
 36 α-NAC 8 908 17 607 0.51  (P) 
 37 Ad03c11 1 682 3 220 0.52  (P) 
 38 Apo1 2 993 5 465 0.55  (P) 
 39 hEGR1 1 209 2 142 0.56  (P) 
 40 EGR1 1 019 1 787 0.57  (P) 
 41 KIAA0201 1 684 2 863 0.59  (P) 
 42 TOPO II BP 921 1 553 0.59  (P) 
 43 E2 protein 9 058 14 982 0.60  (P) 
 44 SON DNA binding protein 927 1 547 0.60  (P) 
 45 FUS 3 613 5 712 0.63  (P) 
 46 Phospholipase A2 4 028 6 211 0.65  (P) 
 47 MAN2A2 1 615 2 433 0.66  (P) 
 48 H3.3 gene exon 4 11 524 16 678 0.69  (P) 
 49 BLM 13 455 17 599 0.76  (P) 
 50 HMG-17 11 355 14 720 0.77  (P) 
 51 DIP1 8 658 10 932 0.79  (P) 
 52 HMG-1 10 144 12 019 0.84  (P) 
 53 PR264 5 400 6 400 0.84  (P) 
 54 Ad00178 8 092 9 147 0.88  (U) 
 55 Mitochondrial DNA, COIII 15 972 17 952 0.89  (U) 
 56 Ferrochelatase 5 148 4 395 1.2  (U) 
 57 Ad08f03 1 898 1 545 1.2  (U) 
 58 Glycophorin A 5 882 4 547 1.3  (U) 
 59 Ankyrin 3 573 2 847 1.3  (U) 
 60 TCTP 30 174 18 882 1.6  (D) 
 61 Actin 21 637 12 029 1.8  (D) 
 62 ERF-1 4 282 1 843 2.3  (D) 
 63 Ad02h07 3 734 707 5.3  (D) 
 64 Ad08c04 2 801 391 7.2  (D) 
 65 α-globin 32 620 4 241 7.7  (D)  
 66 CD36 4 864 506 9.6  (D) 
 67 CAI 27 090 933 29  (D) 
 68 δ-globin 25 847 745 35  (D) 
 69 CAII 7 405 150 49  (D) 
 70 c-fos 10 812 203 53  (D) 
 71 β-globin 40 383 333 120  (D) 
 72 ABL 255 1 110 0.23  (L) 
 73 PKCι 516 1 346 0.38  (L) 
 74 Ad00044 285 540 0.53  (L) 
 75 Ferritin H chain 674 1 125 0.60  (L) 
 76 Ad03e02 603 985 0.61  (L) 
 77 Ad07f01 257 424 0.61  (L) 
 78 TAL1 911 1 470 0.62  (L) 
 79 p21 822 1 310 0.63  (L) 
 80 M96 309 486 0.64  (L) 
 81 Ad12d02 871 1 241 0.70  (L) 
 82 KIAA0152 513 703 0.73  (L) 
 83 KIAA0806 587 788 0.74  (L) 
 84 Porcine inhibin subunit 555 720 0.77  (L) 
 85 TOPI 818 1 051 0.78  (L) 
 86 Ad08d07 234 265 0.88  (L) 
 87 XP22 201 222 0.90  (L) 
 88 Ad13d04 315 345 0.91  (L) 
 89 PSM 241 262 0.92  (L) 
 90 Ad09b01 724 765 0.95  (L) 
 91 Ad13f12 493 515 0.96  (L) 
 92 Ad14h09 238 248 0.96  (L) 
 93 HRX 494 492 1.0  (L) 
 94 MTG-8 179 149 1.2  (L) 
 95 Ad10e12 235 180 1.3  (L) 
 96 Ad08d12 206 164 1.3  (L) 
 97 Ad02e07 188 132 1.4  (L) 
 98 Ad14f03 1 347 870 1.5  (L) 
 99 CBF-A2 172 114 1.5  (L) 
100 Ad08g11 529 339 1.6  (L) 
101 Ad03c09 152 94 1.6  (L) 
102 Ad06b01 568 267 2.1  (L) 
103 AF9 445 56 7.9  (L) 
104 Blank 991 714 1.4  (L)  
105 Vector PCR 844 527 1.6  (L)  
106 Whole vector 382 156 2.4  (L) 

Mean signals were ranked by calculating the ratio of normal bone marrow (Cy3) mean intensity and K562 erythroleukemia cell (Cy5) mean intensity. All mean values are derived from 40 spots (10 NBM chips × 4 spots per chip). According to the statistical criteria defined in Figure 1, genes 1-53 were grouped as proliferation associated (P), genes 54-59 were grouped as equivalent or undefined (U), genes 60-71 were grouped as differentiation associated (D), and genes 72-106 with intensities in both channels at or below the level of background or negative controls were grouped as low intensity (L). Further details on the clones used for this study are available athttp://hembase.niddk.nih.gov/.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal