Table 1.

Characters of synthetic oligopeptides and results with the MHC stabilization assay

Peptide no.Amino acid sequenceORF nameCharacterStart positionAmino acid lengthScore*% MFI increase
RYTAESLRL UL69 IE 259 400 227 
DYEPVPRKF   33 277 141 
VYNAPNLHTL   329 10 300 196 
AYCPFDEQSL   517 10 288 92 
DYLLHIRQQF   301 10 252 123 
TYRCGAVSDL   477 10 200 58 
VYLFSLVVL US3 IE 164 300 175 
VYDLANNTL IRS1 IE 218 240 194 
RYDDESWRPL   640 10 480 36 
10 FYQIRKPPWL   598 10 300 217 
11 VYDLANNTL TRS1 IE 218 240 136 
12 LYLALGAGF   206 180 79 
13 RYTRPTEPPL   631 10 400 17 
14 AYVCCQEYL UL36 Teg 69 300 172 
15 LYDAITENL   350 280 202 
16 CYHQLLGAL   231 240 114 
17 LYRGDVESL   156 200 155 
18 KYAESDYIF UL37 IE 353 240 177 
19 KYAESDYIFL   353 10 480 145 
20 SYRWIQRKRL   21 10 200 −20 
21 QYHLEGWFPL   262 10 200 109 
22 QYILGADPL UL123 IE 353 300 189 
23 KYTQTEEKF   107 220 142 
24 AYAQKIFKIL   248 10 336 152 
25 AYLGLSKKL UL48 Teg 433 396 146 
26 DYLRFPTRL   2026 300 104 
27 EYHGVYEHL   563 280 144 
28 TYRDRDIDL   223 240 −21 
29 TYSTLDRAL   470 240 165 
30 FYDLRDLKL   662 220 121 
31 TYAQMVKKL   880 220 212 
32 GYQKKVQQDL   1016 10 504 −29 
33 LYPEYIYTVL   1753 10 504 161 
34 TYVLVTVNSL   136 10 360 203 
35 YYEALFLYML   197 10 300 215 
36 DYGNVAFKYL   1609 10 240 47 
37 KYCDPNVLL UL56 Teg 27 480 149 
38 LYLLLYRHL   756 360 157 
39 TYNKEWPLL   735 300 202 
40 IYELCNGPL   617 300 133 
41 MYTKIKHIL   397 280 155 
42 VYHQLCRAL   320 240 148 
43 LYLEMLLKAL   72 10 432 36 
44 LYNETFGKQL   708 10 360 34 
45 SYIQEAEEAL   269 10 300 −9 
46 TYNKEWPLLL   735 10 300 238 
47 AYIYTTYLL UL55 gB 154 300 239 
48 SYENKTMQL   205 300 116 
49 AYEYVDYLF   624 210 225 
50 DYLFKRMIDL   629 10 300 −2.4 
51 IYNKPIAARF   531 10 210 169 
52 SYAYIYTTYL   152 10 200 228 
53 QYRSYKRSL UL100 gM 174 200 −16 
54 GYHLGAFFGL   268 10 240 157 
55 YYHVVDFERL   46 10 240 196 
56 KYESWLRPL UL115 gL 92 600 103 
57 YYAGLPPEL   277 264 196 
58 KYYAGLPPEL   276 10 528 172 
59 LYNAVKEFCL   253 10 300 185 
60 NYLDLSALL UL75 gH 306 432 192 
61 SYVVTNQYL   589 360 209 
62 SYLKDSDFL   291 300 174 
63 TYALVSKDL   125 280 178 
64 SYRSFSQQL   135 240 82 
65 TYGRPIRFL   45 200 169 
66 YYVFHMPRCL   88 10 300 227 
67 MYMHDSDDVL   668 10 300 133 
68 HYFTTLKQYL UL18 Env 344 10 288 182 
69 EYTRLGVWL US27 Env 31 240 91 
70 EYAKHHPKL   89 220 33 
71 IYQLFEYTRL   26 10 300 169 
72 QYLLDHNSL US28 Env 91 360 161 
73 FYVAMFASL   111 360 172 
74 LYVFVGTKF   290 231 71 
75 RYRPVKQACL   137 10 480 117 
76 SYPIILNVEL   183 10 396 183 
77 TYNCTYNRL UL4 Env 110 360 122 
78 HYRYEVANL   183 10 200 −22 
79 TYNRLTLLNL   114 10 300 59 
80 VYALPLKML UL83 Teg 100 200 151 
81 QYDPVAALF   328 168 215 
82 QYVKVYLESF   209 10 150 26 
83 QYDPVAALFF   328 10 120 185 
84 RYLRDQQLL   584 720 141 
85 TYGPVFMSL1-153   287 403 229 
Peptide no.Amino acid sequenceORF nameCharacterStart positionAmino acid lengthScore*% MFI increase
RYTAESLRL UL69 IE 259 400 227 
DYEPVPRKF   33 277 141 
VYNAPNLHTL   329 10 300 196 
AYCPFDEQSL   517 10 288 92 
DYLLHIRQQF   301 10 252 123 
TYRCGAVSDL   477 10 200 58 
VYLFSLVVL US3 IE 164 300 175 
VYDLANNTL IRS1 IE 218 240 194 
RYDDESWRPL   640 10 480 36 
10 FYQIRKPPWL   598 10 300 217 
11 VYDLANNTL TRS1 IE 218 240 136 
12 LYLALGAGF   206 180 79 
13 RYTRPTEPPL   631 10 400 17 
14 AYVCCQEYL UL36 Teg 69 300 172 
15 LYDAITENL   350 280 202 
16 CYHQLLGAL   231 240 114 
17 LYRGDVESL   156 200 155 
18 KYAESDYIF UL37 IE 353 240 177 
19 KYAESDYIFL   353 10 480 145 
20 SYRWIQRKRL   21 10 200 −20 
21 QYHLEGWFPL   262 10 200 109 
22 QYILGADPL UL123 IE 353 300 189 
23 KYTQTEEKF   107 220 142 
24 AYAQKIFKIL   248 10 336 152 
25 AYLGLSKKL UL48 Teg 433 396 146 
26 DYLRFPTRL   2026 300 104 
27 EYHGVYEHL   563 280 144 
28 TYRDRDIDL   223 240 −21 
29 TYSTLDRAL   470 240 165 
30 FYDLRDLKL   662 220 121 
31 TYAQMVKKL   880 220 212 
32 GYQKKVQQDL   1016 10 504 −29 
33 LYPEYIYTVL   1753 10 504 161 
34 TYVLVTVNSL   136 10 360 203 
35 YYEALFLYML   197 10 300 215 
36 DYGNVAFKYL   1609 10 240 47 
37 KYCDPNVLL UL56 Teg 27 480 149 
38 LYLLLYRHL   756 360 157 
39 TYNKEWPLL   735 300 202 
40 IYELCNGPL   617 300 133 
41 MYTKIKHIL   397 280 155 
42 VYHQLCRAL   320 240 148 
43 LYLEMLLKAL   72 10 432 36 
44 LYNETFGKQL   708 10 360 34 
45 SYIQEAEEAL   269 10 300 −9 
46 TYNKEWPLLL   735 10 300 238 
47 AYIYTTYLL UL55 gB 154 300 239 
48 SYENKTMQL   205 300 116 
49 AYEYVDYLF   624 210 225 
50 DYLFKRMIDL   629 10 300 −2.4 
51 IYNKPIAARF   531 10 210 169 
52 SYAYIYTTYL   152 10 200 228 
53 QYRSYKRSL UL100 gM 174 200 −16 
54 GYHLGAFFGL   268 10 240 157 
55 YYHVVDFERL   46 10 240 196 
56 KYESWLRPL UL115 gL 92 600 103 
57 YYAGLPPEL   277 264 196 
58 KYYAGLPPEL   276 10 528 172 
59 LYNAVKEFCL   253 10 300 185 
60 NYLDLSALL UL75 gH 306 432 192 
61 SYVVTNQYL   589 360 209 
62 SYLKDSDFL   291 300 174 
63 TYALVSKDL   125 280 178 
64 SYRSFSQQL   135 240 82 
65 TYGRPIRFL   45 200 169 
66 YYVFHMPRCL   88 10 300 227 
67 MYMHDSDDVL   668 10 300 133 
68 HYFTTLKQYL UL18 Env 344 10 288 182 
69 EYTRLGVWL US27 Env 31 240 91 
70 EYAKHHPKL   89 220 33 
71 IYQLFEYTRL   26 10 300 169 
72 QYLLDHNSL US28 Env 91 360 161 
73 FYVAMFASL   111 360 172 
74 LYVFVGTKF   290 231 71 
75 RYRPVKQACL   137 10 480 117 
76 SYPIILNVEL   183 10 396 183 
77 TYNCTYNRL UL4 Env 110 360 122 
78 HYRYEVANL   183 10 200 −22 
79 TYNRLTLLNL   114 10 300 59 
80 VYALPLKML UL83 Teg 100 200 151 
81 QYDPVAALF   328 168 215 
82 QYVKVYLESF   209 10 150 26 
83 QYDPVAALFF   328 10 120 185 
84 RYLRDQQLL   584 720 141 
85 TYGPVFMSL1-153   287 403 229 

ORF indicates open reading frame; IE, immediate early genes; Teg, (possible) tegument proteins; g, glycoproteins; Env, (possible) envelope proteins.

*

Estimated half-time of dissociation from the HLA-A24 allele (min).

Percent MFI increase of HLA-A*2402 molecules on T2-A24 cells. Percent MFI increase = (MFI with sample peptide − MFI without peptide)/MFI without peptide) × 100. See the MHC stabilization assay in “Materials and methods.”

Derived from the HIV envelope protein.31 

F1-153

Derived from the EBV latent membrane protein 2A.32 

or Create an Account

Close Modal
Close Modal