Table 1.

Characters of synthetic oligopeptides and results with the MHC stabilization assay

Peptide no.Amino acid sequenceORF nameCharacterStart positionAmino acid lengthScore*% MFI increase†
1 RYTAESLRL UL69 IE 259 9 400 227 
2 DYEPVPRKF   33 9 277 141 
3 VYNAPNLHTL   329 10 300 196 
4 AYCPFDEQSL   517 10 288 92 
5 DYLLHIRQQF   301 10 252 123 
6 TYRCGAVSDL   477 10 200 58 
7 VYLFSLVVL US3 IE 164 9 300 175 
8 VYDLANNTL IRS1 IE 218 9 240 194 
9 RYDDESWRPL   640 10 480 36 
10 FYQIRKPPWL   598 10 300 217 
11 VYDLANNTL TRS1 IE 218 9 240 136 
12 LYLALGAGF   206 9 180 79 
13 RYTRPTEPPL   631 10 400 17 
14 AYVCCQEYL UL36 Teg 69 9 300 172 
15 LYDAITENL   350 9 280 202 
16 CYHQLLGAL   231 9 240 114 
17 LYRGDVESL   156 9 200 155 
18 KYAESDYIF UL37 IE 353 9 240 177 
19 KYAESDYIFL   353 10 480 145 
20 SYRWIQRKRL   21 10 200 −20 
21 QYHLEGWFPL   262 10 200 109 
22 QYILGADPL UL123 IE 353 9 300 189 
23 KYTQTEEKF   107 9 220 142 
24 AYAQKIFKIL   248 10 336 152 
25 AYLGLSKKL UL48 Teg 433 9 396 146 
26 DYLRFPTRL   2026 9 300 104 
27 EYHGVYEHL   563 9 280 144 
28 TYRDRDIDL   223 9 240 −21 
29 TYSTLDRAL   470 9 240 165 
30 FYDLRDLKL   662 9 220 121 
31 TYAQMVKKL   880 9 220 212 
32 GYQKKVQQDL   1016 10 504 −29 
33 LYPEYIYTVL   1753 10 504 161 
34 TYVLVTVNSL   136 10 360 203 
35 YYEALFLYML   197 10 300 215 
36 DYGNVAFKYL   1609 10 240 47 
37 KYCDPNVLL UL56 Teg 27 9 480 149 
38 LYLLLYRHL   756 9 360 157 
39 TYNKEWPLL   735 9 300 202 
40 IYELCNGPL   617 9 300 133 
41 MYTKIKHIL   397 9 280 155 
42 VYHQLCRAL   320 9 240 148 
43 LYLEMLLKAL   72 10 432 36 
44 LYNETFGKQL   708 10 360 34 
45 SYIQEAEEAL   269 10 300 −9 
46 TYNKEWPLLL   735 10 300 238 
47 AYIYTTYLL UL55 gB 154 9 300 239 
48 SYENKTMQL   205 9 300 116 
49 AYEYVDYLF   624 9 210 225 
50 DYLFKRMIDL   629 10 300 −2.4 
51 IYNKPIAARF   531 10 210 169 
52 SYAYIYTTYL   152 10 200 228 
53 QYRSYKRSL UL100 gM 174 9 200 −16 
54 GYHLGAFFGL   268 10 240 157 
55 YYHVVDFERL   46 10 240 196 
56 KYESWLRPL UL115 gL 92 9 600 103 
57 YYAGLPPEL   277 9 264 196 
58 KYYAGLPPEL   276 10 528 172 
59 LYNAVKEFCL   253 10 300 185 
60 NYLDLSALL UL75 gH 306 9 432 192 
61 SYVVTNQYL   589 9 360 209 
62 SYLKDSDFL   291 9 300 174 
63 TYALVSKDL   125 9 280 178 
64 SYRSFSQQL   135 9 240 82 
65 TYGRPIRFL   45 9 200 169 
66 YYVFHMPRCL   88 10 300 227 
67 MYMHDSDDVL   668 10 300 133 
68 HYFTTLKQYL UL18 Env 344 10 288 182 
69 EYTRLGVWL US27 Env 31 9 240 91 
70 EYAKHHPKL   89 9 220 33 
71 IYQLFEYTRL   26 10 300 169 
72 QYLLDHNSL US28 Env 91 9 360 161 
73 FYVAMFASL   111 9 360 172 
74 LYVFVGTKF   290 9 231 71 
75 RYRPVKQACL   137 10 480 117 
76 SYPIILNVEL   183 10 396 183 
77 TYNCTYNRL UL4 Env 110 9 360 122 
78 HYRYEVANL   183 10 200 −22 
79 TYNRLTLLNL   114 10 300 59 
80 VYALPLKML UL83 Teg 100 9 200 151 
81 QYDPVAALF   328 9 168 215 
82 QYVKVYLESF   209 10 150 26 
83 QYDPVAALFF   328 10 120 185 
84 RYLRDQQLL‡   584 9 720 141 
85 TYGPVFMSL1-153   287 9 403 229 
Peptide no.Amino acid sequenceORF nameCharacterStart positionAmino acid lengthScore*% MFI increase†
1 RYTAESLRL UL69 IE 259 9 400 227 
2 DYEPVPRKF   33 9 277 141 
3 VYNAPNLHTL   329 10 300 196 
4 AYCPFDEQSL   517 10 288 92 
5 DYLLHIRQQF   301 10 252 123 
6 TYRCGAVSDL   477 10 200 58 
7 VYLFSLVVL US3 IE 164 9 300 175 
8 VYDLANNTL IRS1 IE 218 9 240 194 
9 RYDDESWRPL   640 10 480 36 
10 FYQIRKPPWL   598 10 300 217 
11 VYDLANNTL TRS1 IE 218 9 240 136 
12 LYLALGAGF   206 9 180 79 
13 RYTRPTEPPL   631 10 400 17 
14 AYVCCQEYL UL36 Teg 69 9 300 172 
15 LYDAITENL   350 9 280 202 
16 CYHQLLGAL   231 9 240 114 
17 LYRGDVESL   156 9 200 155 
18 KYAESDYIF UL37 IE 353 9 240 177 
19 KYAESDYIFL   353 10 480 145 
20 SYRWIQRKRL   21 10 200 −20 
21 QYHLEGWFPL   262 10 200 109 
22 QYILGADPL UL123 IE 353 9 300 189 
23 KYTQTEEKF   107 9 220 142 
24 AYAQKIFKIL   248 10 336 152 
25 AYLGLSKKL UL48 Teg 433 9 396 146 
26 DYLRFPTRL   2026 9 300 104 
27 EYHGVYEHL   563 9 280 144 
28 TYRDRDIDL   223 9 240 −21 
29 TYSTLDRAL   470 9 240 165 
30 FYDLRDLKL   662 9 220 121 
31 TYAQMVKKL   880 9 220 212 
32 GYQKKVQQDL   1016 10 504 −29 
33 LYPEYIYTVL   1753 10 504 161 
34 TYVLVTVNSL   136 10 360 203 
35 YYEALFLYML   197 10 300 215 
36 DYGNVAFKYL   1609 10 240 47 
37 KYCDPNVLL UL56 Teg 27 9 480 149 
38 LYLLLYRHL   756 9 360 157 
39 TYNKEWPLL   735 9 300 202 
40 IYELCNGPL   617 9 300 133 
41 MYTKIKHIL   397 9 280 155 
42 VYHQLCRAL   320 9 240 148 
43 LYLEMLLKAL   72 10 432 36 
44 LYNETFGKQL   708 10 360 34 
45 SYIQEAEEAL   269 10 300 −9 
46 TYNKEWPLLL   735 10 300 238 
47 AYIYTTYLL UL55 gB 154 9 300 239 
48 SYENKTMQL   205 9 300 116 
49 AYEYVDYLF   624 9 210 225 
50 DYLFKRMIDL   629 10 300 −2.4 
51 IYNKPIAARF   531 10 210 169 
52 SYAYIYTTYL   152 10 200 228 
53 QYRSYKRSL UL100 gM 174 9 200 −16 
54 GYHLGAFFGL   268 10 240 157 
55 YYHVVDFERL   46 10 240 196 
56 KYESWLRPL UL115 gL 92 9 600 103 
57 YYAGLPPEL   277 9 264 196 
58 KYYAGLPPEL   276 10 528 172 
59 LYNAVKEFCL   253 10 300 185 
60 NYLDLSALL UL75 gH 306 9 432 192 
61 SYVVTNQYL   589 9 360 209 
62 SYLKDSDFL   291 9 300 174 
63 TYALVSKDL   125 9 280 178 
64 SYRSFSQQL   135 9 240 82 
65 TYGRPIRFL   45 9 200 169 
66 YYVFHMPRCL   88 10 300 227 
67 MYMHDSDDVL   668 10 300 133 
68 HYFTTLKQYL UL18 Env 344 10 288 182 
69 EYTRLGVWL US27 Env 31 9 240 91 
70 EYAKHHPKL   89 9 220 33 
71 IYQLFEYTRL   26 10 300 169 
72 QYLLDHNSL US28 Env 91 9 360 161 
73 FYVAMFASL   111 9 360 172 
74 LYVFVGTKF   290 9 231 71 
75 RYRPVKQACL   137 10 480 117 
76 SYPIILNVEL   183 10 396 183 
77 TYNCTYNRL UL4 Env 110 9 360 122 
78 HYRYEVANL   183 10 200 −22 
79 TYNRLTLLNL   114 10 300 59 
80 VYALPLKML UL83 Teg 100 9 200 151 
81 QYDPVAALF   328 9 168 215 
82 QYVKVYLESF   209 10 150 26 
83 QYDPVAALFF   328 10 120 185 
84 RYLRDQQLL‡   584 9 720 141 
85 TYGPVFMSL1-153   287 9 403 229 

ORF indicates open reading frame; IE, immediate early genes; Teg, (possible) tegument proteins; g, glycoproteins; Env, (possible) envelope proteins.

*

Estimated half-time of dissociation from the HLA-A24 allele (min).

†

Percent MFI increase of HLA-A*2402 molecules on T2-A24 cells. Percent MFI increase = (MFI with sample peptide − MFI without peptide)/MFI without peptide) × 100. See the MHC stabilization assay in “Materials and methods.”

‡

Derived from the HIV envelope protein.31 

F1-153

Derived from the EBV latent membrane protein 2A.32 

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal