Oligonucleotide primers used for RT-PCR
| Gene . | Primer sequence . | T, °C* . | Size, bp . | Reference no. . |
|---|---|---|---|---|
| Brachyury | 5′-TGCTGCCTGTGAGTCATAAC-3′ | 52 | 947 | Keller et al17 |
| 5′-TCCAGGTGCTATATATTGCC-3′ | ||||
| Flk-1 | 5′-TAGGTGCCTCCCCATACCCTGG-3′ | 60 | 398 | Fennie et al56 |
| 5′-TGGCCGGCTCTTTCGCTTACTG-3′ | ||||
| SCL | 5′-TATGAGATGGAGATTTCTGATG-3′ | 55 | 396 | Begley et al57 |
| 5′-GCTCCTCTGTGTAACTGTCC-3′ | ||||
| GATA-1 | 5′-GGAATTCGGGCCCCTTGTGAGGCCAGAGAG-3′ | 60 | 404 | Tsai et al58 |
| 5′-CGGGGTACCTCACGCTCCAGCCAGATTCGACCC-3′ | ||||
| GATA-2 | 5′-CTCCAGCTTCACCCCTAAGCAG-3′ | 60 | 254 | SD |
| 5′-CATAAGGTGGTGGTTGTCGTCT-3′ | ||||
| EKLF | 5′-TCGCCGGAGACGCAGGCT-3′ | 55 | 359 | Keller et al17 |
| 5′-CCCAGTCCTTGTGCAGGA-3′ | ||||
| AML1 | 5′-GACCGCAGCATGGTGGAGGTACT-3′ | 60 | 269 | SD |
| 5′-ACTCAGTGAGAAGGACCAGAGACTTCTA-3′ | ||||
| NF-E2 | 5′-GAGCCCTGGCCATGAAGATTCC-3′ | 62.5 | 391 | Andrews et al59 |
| 5′-CACCATCAGCAGCCTGTTGCAG-3′ | ||||
| βH1 globin | 5′-CTCAAGGAGACCTTTGCTCA-3′ | 55 | 265 | Keller et al17 |
| 5′-AGTCCCCATGGAGTCAAAGA-3′ | ||||
| ζ-globin | 5′-GCTCAGGCCGAGCCCATTGG-3′ | 55 | 371 | Weiss et al60 |
| 5′-TAGCGGTACTTCTCAGTCAG-3′ | ||||
| Epo R | 5′-TTGACGCTGTCTCTCATTCTGG-3′ | 62 | 356 | Kuramochi et al61 |
| 5′-CAATACCAAGTAGGTGTCCTGG-3′ | ||||
| IL-3 R | 5′-TTCCTTTGGGCTCTTCTATCGC-3′ | 60 | 554 | Schmitt et al62 |
| 5′-CCAGGAGCAAGGTGAAGATGAG-3′ | ||||
| GM-CSF Rα | 5′-GCGGGCGACACGAGGATGAAGCAC-3′ | 60 | 264 | Park et al63 |
| 5′-CTAGGGCTGCAGGAGGTCCTTCCT-3′ | ||||
| c-kit | 5′-TGTCTCTCCAGTTTCCCTGC-3′ | 50 | 765 | Keller et al17 |
| 5′-TTCAGGGACTCATGGGCTCA-3′ | ||||
| Smad5 | 5′-CTTGGATGGACGTCTGCAAG-3′ | 60 | 880 | SD |
| 5′-CATGGTGAAAGTTGCAGTTC-3′ | ||||
| TGF-β1 | 5′-CACCATCCATGACATGAACCG-3′ | 55 | 375 | SD |
| 5′-TTGCGACCCACGTAGTAGACG-3′ | ||||
| TβRI | 5′-CGTTACAGTGTTTCTGCCACCT-3′ | 52 | 314 | Roelen64 |
| 5′-AGACGAAGCACACTGGTCCAGC-3′ | ||||
| TβRII | 5′-GGAAGTCTGCGTGGCCGTGTGG-3′ | 52 | 298 | Roelen64 |
| 5′-CTATGGCAATCCCCAGCGGAGG-3′ | ||||
| HPRT | 5′-GCTGGTGAAAAGGACCTCT-3′ | 55 | 249 | Keller et al17 |
| 5′-CACAGGACTAGAACACCTGC-3′ |
| Gene . | Primer sequence . | T, °C* . | Size, bp . | Reference no. . |
|---|---|---|---|---|
| Brachyury | 5′-TGCTGCCTGTGAGTCATAAC-3′ | 52 | 947 | Keller et al17 |
| 5′-TCCAGGTGCTATATATTGCC-3′ | ||||
| Flk-1 | 5′-TAGGTGCCTCCCCATACCCTGG-3′ | 60 | 398 | Fennie et al56 |
| 5′-TGGCCGGCTCTTTCGCTTACTG-3′ | ||||
| SCL | 5′-TATGAGATGGAGATTTCTGATG-3′ | 55 | 396 | Begley et al57 |
| 5′-GCTCCTCTGTGTAACTGTCC-3′ | ||||
| GATA-1 | 5′-GGAATTCGGGCCCCTTGTGAGGCCAGAGAG-3′ | 60 | 404 | Tsai et al58 |
| 5′-CGGGGTACCTCACGCTCCAGCCAGATTCGACCC-3′ | ||||
| GATA-2 | 5′-CTCCAGCTTCACCCCTAAGCAG-3′ | 60 | 254 | SD |
| 5′-CATAAGGTGGTGGTTGTCGTCT-3′ | ||||
| EKLF | 5′-TCGCCGGAGACGCAGGCT-3′ | 55 | 359 | Keller et al17 |
| 5′-CCCAGTCCTTGTGCAGGA-3′ | ||||
| AML1 | 5′-GACCGCAGCATGGTGGAGGTACT-3′ | 60 | 269 | SD |
| 5′-ACTCAGTGAGAAGGACCAGAGACTTCTA-3′ | ||||
| NF-E2 | 5′-GAGCCCTGGCCATGAAGATTCC-3′ | 62.5 | 391 | Andrews et al59 |
| 5′-CACCATCAGCAGCCTGTTGCAG-3′ | ||||
| βH1 globin | 5′-CTCAAGGAGACCTTTGCTCA-3′ | 55 | 265 | Keller et al17 |
| 5′-AGTCCCCATGGAGTCAAAGA-3′ | ||||
| ζ-globin | 5′-GCTCAGGCCGAGCCCATTGG-3′ | 55 | 371 | Weiss et al60 |
| 5′-TAGCGGTACTTCTCAGTCAG-3′ | ||||
| Epo R | 5′-TTGACGCTGTCTCTCATTCTGG-3′ | 62 | 356 | Kuramochi et al61 |
| 5′-CAATACCAAGTAGGTGTCCTGG-3′ | ||||
| IL-3 R | 5′-TTCCTTTGGGCTCTTCTATCGC-3′ | 60 | 554 | Schmitt et al62 |
| 5′-CCAGGAGCAAGGTGAAGATGAG-3′ | ||||
| GM-CSF Rα | 5′-GCGGGCGACACGAGGATGAAGCAC-3′ | 60 | 264 | Park et al63 |
| 5′-CTAGGGCTGCAGGAGGTCCTTCCT-3′ | ||||
| c-kit | 5′-TGTCTCTCCAGTTTCCCTGC-3′ | 50 | 765 | Keller et al17 |
| 5′-TTCAGGGACTCATGGGCTCA-3′ | ||||
| Smad5 | 5′-CTTGGATGGACGTCTGCAAG-3′ | 60 | 880 | SD |
| 5′-CATGGTGAAAGTTGCAGTTC-3′ | ||||
| TGF-β1 | 5′-CACCATCCATGACATGAACCG-3′ | 55 | 375 | SD |
| 5′-TTGCGACCCACGTAGTAGACG-3′ | ||||
| TβRI | 5′-CGTTACAGTGTTTCTGCCACCT-3′ | 52 | 314 | Roelen64 |
| 5′-AGACGAAGCACACTGGTCCAGC-3′ | ||||
| TβRII | 5′-GGAAGTCTGCGTGGCCGTGTGG-3′ | 52 | 298 | Roelen64 |
| 5′-CTATGGCAATCCCCAGCGGAGG-3′ | ||||
| HPRT | 5′-GCTGGTGAAAAGGACCTCT-3′ | 55 | 249 | Keller et al17 |
| 5′-CACAGGACTAGAACACCTGC-3′ |
SD indicates self-designed primer sequence; Epo R, erythropoietin receptor; and HPRT, hypoxanthine phosphoribosyl transferase.
Annealing temperature.