Table 3.

Amino acid sequence alignment of HLA-DPB1 alleles analyzed in this study

Polymorphic regions
A
B
C
D
E
F
Groups
HLA-DPB1*
8
9
11
33
35
36
55
56
57
65
69
76
84
85
86
87
1   0901   V   H   L   E   F   V   D   E   D   I   E   V   D   E   A   V  
  1001   —   —   —   —   —   —   —   —   E   —   —   —   —   —   —   —  
  1701   —   —   —   —   —   —   —   —   —   —   —   M   —   —   —   —  
2   0301   —   Y   —   —   —   —   —   —   —   L   K   —   —   —   —   —  
  1401   —   —   —   —   —   —   —   —   —   L   K   —   —   —   —   —  
  4501   —   —   —   —   —   —   —   —   E   L   K   —   —   —   —   —  
3   0101   —   Y   G   —   Y   A   A   A   E   —   K   —   —   —   —   —  
  0201   L   F   G   —   —   —   —   —   E   —   —   M   G   G   P   M  
  0202   L   F   G   —   L   —   E   A   E   —   —   M   G   G   P   M  
  0401   L   F   G   —   —   A   A   A   E   —   K   M   G   G   P   M  
  0402   L   F   G   —   —   —   —   —   E   —   K   M   G   G   P   M  
  0501   L   F   G   —   L   —   E   A   E   —   K   M   —   —   —   —  
  0601   —   Y   —   —   —   —   —   —   —   L   —   M   —   —   —   —  
  1101   —   Y   —   Q   Y   A   A   A   E   L   R   M   —   —   —   —  
  1301   —   Y   —   —   Y   A   A   A   E   —   —   I   —   —   —   —  
  1501   —   Y   G   Q   Y   A   A   A   E   L   R   M   V   G   P   M  
  1601   L   F   G   —   —   —   —   —   E   —   —   M   —   —   —   —  
  1901   L   F   G   —   —   —   E   A   E   —   —   I   —   —   —   —  
  2001   —   Y   —   —   —   —   —   —   —   L   K   M   —   —   —   —  
  2301   L   F   G   —   —   —   A   A   E   —   K   M   G   G   P   M  
 		 4601
 		 L
 		 F
 		 G
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 M
 		 G
 		 G
 		 P
 		 M
 
Polymorphic regions
A
B
C
D
E
F
Groups
HLA-DPB1*
8
9
11
33
35
36
55
56
57
65
69
76
84
85
86
87
1   0901   V   H   L   E   F   V   D   E   D   I   E   V   D   E   A   V  
  1001   —   —   —   —   —   —   —   —   E   —   —   —   —   —   —   —  
  1701   —   —   —   —   —   —   —   —   —   —   —   M   —   —   —   —  
2   0301   —   Y   —   —   —   —   —   —   —   L   K   —   —   —   —   —  
  1401   —   —   —   —   —   —   —   —   —   L   K   —   —   —   —   —  
  4501   —   —   —   —   —   —   —   —   E   L   K   —   —   —   —   —  
3   0101   —   Y   G   —   Y   A   A   A   E   —   K   —   —   —   —   —  
  0201   L   F   G   —   —   —   —   —   E   —   —   M   G   G   P   M  
  0202   L   F   G   —   L   —   E   A   E   —   —   M   G   G   P   M  
  0401   L   F   G   —   —   A   A   A   E   —   K   M   G   G   P   M  
  0402   L   F   G   —   —   —   —   —   E   —   K   M   G   G   P   M  
  0501   L   F   G   —   L   —   E   A   E   —   K   M   —   —   —   —  
  0601   —   Y   —   —   —   —   —   —   —   L   —   M   —   —   —   —  
  1101   —   Y   —   Q   Y   A   A   A   E   L   R   M   —   —   —   —  
  1301   —   Y   —   —   Y   A   A   A   E   —   —   I   —   —   —   —  
  1501   —   Y   G   Q   Y   A   A   A   E   L   R   M   V   G   P   M  
  1601   L   F   G   —   —   —   —   —   E   —   —   M   —   —   —   —  
  1901   L   F   G   —   —   —   E   A   E   —   —   I   —   —   —   —  
  2001   —   Y   —   —   —   —   —   —   —   L   K   M   —   —   —   —  
  2301   L   F   G   —   —   —   A   A   E   —   K   M   G   G   P   M  
 		 4601
 		 L
 		 F
 		 G
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 —
 		 M
 		 G
 		 G
 		 P
 		 M
 

The six polymorphic pockets A-F encoded by HLA-DPB1 alleles36-38  are aligned with *0901 as consensus. Dashes indicate sequence identity to the consensus at this position.3  Only alleles belonging to immunogenicity groups 1-3 according to the classification from Table 2 are listed.

[ViewLarge]
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal