Clinical and molecular characterization of patients with CLL and of normal B cells
. | . | . | . | Pax-5, QRT-PCR . | . | . | Identification of switch transcripts, RT-PCR . | . | . | . | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CLL and normal B cells . | Mutational status . | VH gene . | AID, QRT-PCR . | (a) . | Δ8 . | Id-2, QRT-PCR . | VH-Cμ . | VH-Cδ . | VH-Cγ . | VH-Cα . | ||||
| 01 | UM | VH 1-02 | 1.2 E + 04 | 1.2 E + 05 | Neg | 2.1 E + 02 | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 02 | UM | VH 1-69 | 2.6 E + 04 | 3.3 E + 06 | Neg | 1.0 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 03 | UM | VH 4-59 | 6.0 E + 03 | 3.3 E + 05 | Neg | 8.9 E + 01 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 04 | UM | VH 4-39 | 9.7 E + 03 | 2.5 E + 05 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 05 | UM | VH 4-39 | 3.6 E + 03 | 9.0 E + 05 | Neg | 2.0 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 06 | UM | VH 1-69 | 6.3 E + 03 | 2.5 E + 06 | Neg | 9.3 E + 01 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 07 | UM | VH 4-34 | 8.5 E + 03 | 1.2 E + 06 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 08 | UM | VH 1-69 | Neg | 2.4 E + 03 | 5.9 E + 02 | 2.2 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 09 | UM | VH 3-53 | Neg | 7.7 E + 01 | 3.3 E + 04 | 1.6 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 10 | UM | VH 1-69 | Neg | 1.0 E + 01 | 2.3 E + 02 | 9.0 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 11 | UM | VH 6-01 | 3.6 E + 02 | 5.9 E + 05 | Neg | 2.6 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 12 | UM | VH 1-69 | Neg | 2.8 E + 03 | 2.7 E + 05 | 9.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 13 | UM | VH 1-02 | Neg | 8.6 E + 01 | 3.5 E + 02 | 8.7 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 14 | UM | VH 1-03 | 2.6 E + 03 | 1.0 E + 06 | Neg | 9.5 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 15 | UM | VH 1-69 | 6.3 E + 03 | 5.7 E + 05 | Neg | 7.3 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 16 | UM | VH 1-02 | 9.5 E + 02 | 4.6 E + 05 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 17 | UM | VH 4-39 | Neg | 9.3 E + 01 | 1.5 E + 03 | 1.1 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 18 | UM | VH 1-69 | Neg | 5.5 E + 02 | 3.9 E + 05 | 2.6 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 19 | UM | VH 2-5 | 1.6 E + 03 | 1.5 E + 05 | Neg | 6.1 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 20 | UM | VH 3-30 | 9.5 E + 02 | 5.6 E + 05 | Neg | 5.6 E + 02 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 21 | UM | VH 3-7 | 6.2 E + 03 | 9.6 E + 05 | Neg | 9.3 E + 01 | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 22 | UM | VH 1-69 | Neg | 7.2 E + 01 | 2.3 E + 04 | 4.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 23 | UM | VH 5-51 | Neg | 5.5 E + 01 | 5.5 E + 03 | 9.5 E + 02 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 24 | UM | VH 3-30 | 1.6 E + 04 | 3.3 E + 06 | Neg | 9.3 E + 01 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 25 | UM | VH 1-02 | 9.3 E + 03 | 2.5 E + 06 | Neg | 7.7 E + 01 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 26 | UM | VH 1-69 | Neg | 2.4 E + 03 | 7.0 E -02 | 6.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 27 | UM | VH 3-74 | Neg | 4.4 E + 02 | 4.0 E -03 | 5.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 28 | MT | VH 2-05 | Neg | 9.9 E + 02 | 8.9 E + 03 | 1.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 29 | MT | VH 3-7 | Neg | 1.0 E + 02 | 9.2 E + 02 | 5.6 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 30 | MT | VH 3-30 | Neg | 9.6 E + 01 | 8.3 E + 02 | 6.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 31 | MT | VH 4-34 | Neg | 5.2 E + 01 | 1.5 E + 03 | 1.2 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 32 | MT | VH 3-73 | 3.6 E + 03 | 3.6 E + 06 | 2.3 E + 02 | 5.9 E + 02 | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 33 | MT | VH 1-02 | Neg | 9.3 E + 01 | 3.3 E + 02 | 8.9 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 34 | MT | VH 5-51 | 1.5 E + 03 | 4.2 E + 04 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 35 | MT | VH 3-33 | Neg | 6.9 E + 02 | 9.5 E + 03 | 1.5 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 36 | MT | VH 3-74 | 3.2 E + 02 | 5.9 E + 05 | Neg | 9.6 E + 01 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 37 | MT | VH 4-59 | 3.7 E + 02 | 4.2 E + 04 | 9.2 E + 01 | 5.2 E + 02 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 38 | MT | VH 3-30 | Neg | 3.5 E + 03 | 7.7 E + 03 | 8.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 39 | MT | VH 3-23 | Neg | Neg | 2.6 E + 04 | 8.0 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 40 | MT | VH 1-18 | 8.3 E + 03 | 4.9 E + 05 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 41 | MT | VH 3-74 | Neg | 5.4 E + 03 | 1.1 E + 02 | 5.0 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 42 | MT | VH 4-34 | Neg | 7.3 E + 01 | 1.5 E + 03 | 6.9 E + 02 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 43 | MT | VH 5-51 | Neg | 1.6 E + 02 | 8.6 E + 03 | 9.6 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 44 | MT | VH 5-51 | Neg | 1.9 E + 03 | 3.1 E + 03 | 1.0 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 45 | MT | VH 3-7 | Neg | 7.6 E + 01 | 4.1 E + 04 | 6.6 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 46 | MT | VH 3-7 | Neg | 6.2 E + 02 | 6.7 E + 03 | 9.3 E + 02 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 47 | MT | VH 5-51 | Neg | 3.7 E + 02 | 3.1 E + 04 | 4.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 48 | MT | VH 4-34 | Neg | Neg | 2.5 E + 03 | 7.9 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 49 | MT | VH 3-15 | Neg | 8.7 E + 01 | 9.6 E + 02 | 2.2 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 50 | MT | VH 3-7 | Neg | 9.8 E + 02 | 3.6 E + 02 | 6.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 51 | MT | VH2-70 | Neg | 6.7 E + 01 | 2.1 E + 03 | 3.5 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 52 | MT | VH 1-69 | Neg | 8.8 E + 01 | 7.5 E + 03 | 4.5 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 53 | MT | VH 3-30 | Neg | 3.2 E + 03 | 9.6 E + 01 | 9.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 54 | MT | VH 4-34 | Neg | 3.3 E + 02 | 4.3 E + 02 | 5.1 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 55 | ND | ND | Neg | 6.4 E + 02 | 2.0 E + 04 | 6.2 E + 04 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 56 | ND | ND | Neg | 5.9 E + 01 | 5.9 E + 04 | 5.7 E + 03 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 57 | ND | ND | Neg | 6.6 E + 01 | 9.6 E + 03 | 5.8 E + 03 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 58 | ND | ND | Neg | 1.7 E + 03 | 5.2 E + 03 | 9.2 E + 03 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 59 | ND | ND | Neg | 9.9 E + 02 | 3.9 E + 04 | 3.3 E + 02 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 60 | ND | ND | Neg | 6.3 E + 02 | 5.3 E + 03 | 4.1 E + 02 | ND | ND | ND | ND | ||||
. | . | . | . | Pax-5, QRT-PCR . | . | . | Identification of switch transcripts, RT-PCR . | . | . | . | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CLL and normal B cells . | Mutational status . | VH gene . | AID, QRT-PCR . | (a) . | Δ8 . | Id-2, QRT-PCR . | VH-Cμ . | VH-Cδ . | VH-Cγ . | VH-Cα . | ||||
| 01 | UM | VH 1-02 | 1.2 E + 04 | 1.2 E + 05 | Neg | 2.1 E + 02 | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 02 | UM | VH 1-69 | 2.6 E + 04 | 3.3 E + 06 | Neg | 1.0 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 03 | UM | VH 4-59 | 6.0 E + 03 | 3.3 E + 05 | Neg | 8.9 E + 01 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 04 | UM | VH 4-39 | 9.7 E + 03 | 2.5 E + 05 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 05 | UM | VH 4-39 | 3.6 E + 03 | 9.0 E + 05 | Neg | 2.0 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 06 | UM | VH 1-69 | 6.3 E + 03 | 2.5 E + 06 | Neg | 9.3 E + 01 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 07 | UM | VH 4-34 | 8.5 E + 03 | 1.2 E + 06 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 08 | UM | VH 1-69 | Neg | 2.4 E + 03 | 5.9 E + 02 | 2.2 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 09 | UM | VH 3-53 | Neg | 7.7 E + 01 | 3.3 E + 04 | 1.6 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 10 | UM | VH 1-69 | Neg | 1.0 E + 01 | 2.3 E + 02 | 9.0 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 11 | UM | VH 6-01 | 3.6 E + 02 | 5.9 E + 05 | Neg | 2.6 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 12 | UM | VH 1-69 | Neg | 2.8 E + 03 | 2.7 E + 05 | 9.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 13 | UM | VH 1-02 | Neg | 8.6 E + 01 | 3.5 E + 02 | 8.7 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 14 | UM | VH 1-03 | 2.6 E + 03 | 1.0 E + 06 | Neg | 9.5 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 15 | UM | VH 1-69 | 6.3 E + 03 | 5.7 E + 05 | Neg | 7.3 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 16 | UM | VH 1-02 | 9.5 E + 02 | 4.6 E + 05 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 17 | UM | VH 4-39 | Neg | 9.3 E + 01 | 1.5 E + 03 | 1.1 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 18 | UM | VH 1-69 | Neg | 5.5 E + 02 | 3.9 E + 05 | 2.6 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 19 | UM | VH 2-5 | 1.6 E + 03 | 1.5 E + 05 | Neg | 6.1 E + 02 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 20 | UM | VH 3-30 | 9.5 E + 02 | 5.6 E + 05 | Neg | 5.6 E + 02 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 21 | UM | VH 3-7 | 6.2 E + 03 | 9.6 E + 05 | Neg | 9.3 E + 01 | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 22 | UM | VH 1-69 | Neg | 7.2 E + 01 | 2.3 E + 04 | 4.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 23 | UM | VH 5-51 | Neg | 5.5 E + 01 | 5.5 E + 03 | 9.5 E + 02 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 24 | UM | VH 3-30 | 1.6 E + 04 | 3.3 E + 06 | Neg | 9.3 E + 01 | +/= | +/= | +/= | nt | ||||
| 25 | UM | VH 1-02 | 9.3 E + 03 | 2.5 E + 06 | Neg | 7.7 E + 01 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 26 | UM | VH 1-69 | Neg | 2.4 E + 03 | 7.0 E -02 | 6.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 27 | UM | VH 3-74 | Neg | 4.4 E + 02 | 4.0 E -03 | 5.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 28 | MT | VH 2-05 | Neg | 9.9 E + 02 | 8.9 E + 03 | 1.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 29 | MT | VH 3-7 | Neg | 1.0 E + 02 | 9.2 E + 02 | 5.6 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 30 | MT | VH 3-30 | Neg | 9.6 E + 01 | 8.3 E + 02 | 6.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 31 | MT | VH 4-34 | Neg | 5.2 E + 01 | 1.5 E + 03 | 1.2 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 32 | MT | VH 3-73 | 3.6 E + 03 | 3.6 E + 06 | 2.3 E + 02 | 5.9 E + 02 | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 33 | MT | VH 1-02 | Neg | 9.3 E + 01 | 3.3 E + 02 | 8.9 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 34 | MT | VH 5-51 | 1.5 E + 03 | 4.2 E + 04 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 35 | MT | VH 3-33 | Neg | 6.9 E + 02 | 9.5 E + 03 | 1.5 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 36 | MT | VH 3-74 | 3.2 E + 02 | 5.9 E + 05 | Neg | 9.6 E + 01 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 37 | MT | VH 4-59 | 3.7 E + 02 | 4.2 E + 04 | 9.2 E + 01 | 5.2 E + 02 | +/= | +/= | +/# | nt | ||||
| 38 | MT | VH 3-30 | Neg | 3.5 E + 03 | 7.7 E + 03 | 8.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 39 | MT | VH 3-23 | Neg | Neg | 2.6 E + 04 | 8.0 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 40 | MT | VH 1-18 | 8.3 E + 03 | 4.9 E + 05 | Neg | Neg | +/= | +/= | +/= | +/= | ||||
| 41 | MT | VH 3-74 | Neg | 5.4 E + 03 | 1.1 E + 02 | 5.0 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 42 | MT | VH 4-34 | Neg | 7.3 E + 01 | 1.5 E + 03 | 6.9 E + 02 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 43 | MT | VH 5-51 | Neg | 1.6 E + 02 | 8.6 E + 03 | 9.6 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 44 | MT | VH 5-51 | Neg | 1.9 E + 03 | 3.1 E + 03 | 1.0 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 45 | MT | VH 3-7 | Neg | 7.6 E + 01 | 4.1 E + 04 | 6.6 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 46 | MT | VH 3-7 | Neg | 6.2 E + 02 | 6.7 E + 03 | 9.3 E + 02 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 47 | MT | VH 5-51 | Neg | 3.7 E + 02 | 3.1 E + 04 | 4.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 48 | MT | VH 4-34 | Neg | Neg | 2.5 E + 03 | 7.9 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 49 | MT | VH 3-15 | Neg | 8.7 E + 01 | 9.6 E + 02 | 2.2 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 50 | MT | VH 3-7 | Neg | 9.8 E + 02 | 3.6 E + 02 | 6.2 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 51 | MT | VH2-70 | Neg | 6.7 E + 01 | 2.1 E + 03 | 3.5 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 52 | MT | VH 1-69 | Neg | 8.8 E + 01 | 7.5 E + 03 | 4.5 E + 04 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 53 | MT | VH 3-30 | Neg | 3.2 E + 03 | 9.6 E + 01 | 9.3 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 54 | MT | VH 4-34 | Neg | 3.3 E + 02 | 4.3 E + 02 | 5.1 E + 03 | +/= | +/= | nt | nt | ||||
| 55 | ND | ND | Neg | 6.4 E + 02 | 2.0 E + 04 | 6.2 E + 04 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 56 | ND | ND | Neg | 5.9 E + 01 | 5.9 E + 04 | 5.7 E + 03 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 57 | ND | ND | Neg | 6.6 E + 01 | 9.6 E + 03 | 5.8 E + 03 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 58 | ND | ND | Neg | 1.7 E + 03 | 5.2 E + 03 | 9.2 E + 03 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 59 | ND | ND | Neg | 9.9 E + 02 | 3.9 E + 04 | 3.3 E + 02 | ND | ND | ND | ND | ||||
| 60 | ND | ND | Neg | 6.3 E + 02 | 5.3 E + 03 | 4.1 E + 02 | ND | ND | ND | ND | ||||
Values of QRT-PCR are expressed as copy numbers.
Neg indicates values below 5.0E + 01; UM, unmutated; MT, mutated; +/=, cases displaying clonal tumoral switch transcripts; +/#, cases displaying switch transcripts where the VDJ sequence was unrelated to the tumoral clone; nt, no transcripts; ND, not determined. a indicates Pax5a; Δ8, Pax-5Δ-Ex 8 isoforms.